Soucieux de développer les recherches en Biologie de la conservation dans le domaine végétal, suivant l'un des axes de recherche défini par le Ministère de l'Enseignement supérieur, et de s'intégrer dans le dispositif des Conservatoires botaniques nationaux mis en place par le Ministère de l'Ecologie et du développement durable, le Muséum a décidé de créer un Conservatoire botanique (décision du Conseil d'administration du Muséum en date du 22 novembre 1994).

Le Conservatoire botanique, service scientifique du Muséum National d'Histoire Naturelle, est intégré dans l'UMS Inventaire et suivi de la biodiversité.