L'Observatoire PELAGIS rassemble les programmes d'observation et d'expertise sur la conservation des populations de mammifères et oiseaux marins ainsi que la gestion des bases de données associées. L'adossement de l'Observatoire PELAGIS aux unités de recherche LIENSs (UMR 7266, ULR-CNRS) et CEBC (UPR 1934) permet la valorisation des données d'observatoire par la recherche. L'unité repose sur un ensemble de bases de données démographiques, spatialisées, biologiques et une banque de prélèvements biologiques. Les principales actions concernent le suivi de l'abondance et de la démographie, la détermination de la distribution et des habitats critiques ainsi que l'estimation des paramètres biologiques des mammifères et oiseaux marins. De plus l'Observatoire PELAGIS assure la production de synthèses et rapports réglementaires, l'évaluation de scénarios de gestion et d'unités de conservation, et l'entretien des bases de données sur les prédateurs supérieurs marins.