A la création du Muséum d’Histoire Naturelle d’Aix-en-Provence en 1838, le catalogue des collections recense 2163 spécimens dont 613 roches et 716 minéraux donnés par Henri Coquand, 418 oiseaux naturalisés, dont 334 achetés par la ville au pharmacien Carle, ainsi que 416 coquillages provenant des dons Carle, Richaud (Sénégal) et Duveyrier (Pacifique).

Ces collections sont rapidement complétées par de nombreux dons. La première guerre mondiale va donner le premier coup d’arrêt de l’enrichissement des collections (plus aucune acquisition à partir de 1915). Puis en 1936 le Muséum est contraint de laisser sa place à une caserne. Les collections sont alors dispersées et entreposés dans des lieux inadaptés où de nombreux spécimens souffrent de mauvaises conditions de conservation. Avec la réouverture du musée en 1953, les dons, achats et fouilles paléontologique vont enrichir à nouveau les collections, aboutissant en 2005, à un ensemble de 660 000 spécimens plaçant le fonds du Muséum parmi les plus riches en France.