Comme les années précédentes, l'édition 2022 du défi Ebbe Nielsen a été lancée dans le but de valoriser les initiatives innovantes qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte.

Un jury d'experts évaluera les candidatures en fonction de leur ouverture, leur répétabilité, leur pertinence et leur nouveauté, et sélectionnera un groupe de gagnants pour un prix allant jusqu'à un total de 20 000 €.

Entre le 16 décembre 2021 et le 14 août 2022, les candidatures individuelles ou en équipes peuvent mettre en place des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité, et les soumettre à ce concours annuel ouvert à tous.

Les candidatures au défi peuvent prendre plusieurs formes, les participants pouvant choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas obligatoirement) l'API GBIF pour accéder aux données.

Les candidatures peuvent également s'appuyer sur ou étendre les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF.

Nous encourageons les participants à examiner les propositions gagnantes précédentes pour visualiser des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez souhaiter poursuivre.

Les propositions doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, incluant les utilisateurs de données, les détenteurs de données ou les gestionnaires de données.

Les participants peuvent également consulter la stratégie de communication du GBIF afin de mieux identifier le public visé par le GBIF.

Les gagnants seront annoncés en octobre 2022 lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF à Bruxelles.

Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, décédé subitement juste avant sa création.

• Règlement officiel du défi Ebbe-Nielsen
• Formulaire de participation

Date limite de soumission :

• 14 août 2022, 23h59 Central European Summer Time (UTC+2)

Plus d'informations sur cette page (en anglais).

Illustration de sphinx à tête de mort (Acherontia atropos), d'après Illustrations of Linnaean genres of insects (1821) via Biodiversity Heritage Library , aucun droit réservé sous CC0.

Impact and Action est un symposium virtuel sur les politiques scientifiques co-organisé par le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), la US National Science Foundation et l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE), afin de renforcer et consolider l'impact des informations scientifique au cours des deux prochaines décennies et au-delà.

Les problématiques interconnectées de la perte de biodiversité et du changement climatique ont augmenté à la fois les exigences et le besoin pressant de données pour éclairer la recherche et les décisions politiques, rendant la mission du GBIF plus urgente que jamais.

> S'enregistrer en ligne <

Durant deux heures, le jeudi 9 décembre 2021, des experts examineront le rôle et les besoins de l'écosystème de données sur la biodiversité dans le soutien des avancées sur les questions clés, les innovations et les priorités politiques. Les thèmes abordés comprendront la conservation de la biodiversité, la sécurité alimentaire, la santé, l'évolution des sciences et technologies émergentes et l'interface science-politique. Un panel de questions-réponses (avec modérateurs) rassemblera les points clés des présentations.

Le symposium offre une opportunité unique aux scientifiques, décideurs politiques et autres parties prenantes concernées de comprendre les succès passés et les défis à venir alors que le GBIF prépare son prochain cadre stratégique. En tant que précurseur d'une série de consultations des parties prenantes au cours de l'année à venir, le symposium et les résultats de ses discussions éclaireront les politiques et les approches de recherche visant à élargir et à partager les connaissances et les avantages associés aux données sur la biodiversité.

Intervenants :

• Carthage Smith, représentant du Global Science Forum de l'OCDE
• Joe Miller, Secrétaire exécutif du GBIF
• Melodie McGeoch, La Trobe University; représentante du GEO BON Species Population Working Group; coordinatrice du suivi des espèces exotiques envahissantes de l'IPBES
• Florence Fouque, cheffe de l'équipe Vecteurs, Environnement et Société, TDR, the Special Programme for Research and Training in Tropical Diseases hébergé par  l'Organisation Mondiale de la Santé
• Rob Finn, Chef de l'équipe Microbiome Informatics, European Molecular Biology Laboratory's European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
• Nora Castañeda-Álvarez, Cheffe de projet Seeds for Resilience, Global Crop Diversity Trust
• Alice Hughes, Professeure associée, Centre for Integrative Conservation, Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences
• Sandra Knapp, Chercheuse émérite en Sciences de la Vie, Natural History Museum, London; Présidente de la Linnaean Society of London
• Tim Hirsch, Directeur adjoint du GBIF
• Tanya Abrahamse, Représentante du Conseil d'administration du GBIF

Le TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé par l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont mis en ligne un nouvel appel à data papers sur les vecteurs de maladies humaines, dans le cadre d'une série thématique qui sera publiée dans la revue GigaByte.

Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité liés à cette maladie, ces progrès sont actuellement stoppés. D'autres maladies, comme celles causées par des arbovirus telles que la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec une augmentation du nombre de cas et de décès.

La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la santé en 2017. Parmi les objectifs fixés par accord mutuel entre le GBIF et le TDR figure le travail sur un référentiel de données relatives aux vecteurs, et la conception et l'identification de sources et de contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte publiera un numéro spécial consacré aux data papers sur les vecteurs.

Les data papers soumis doivent décrire les jeux de données avec les critères suivants :

• Les données sont clairement pertinentes pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
• Le jeu de données contient plus de 5 000 nouveaux enregistrements publiés sur GBIF.org en 2021/22, ainsi que des données et des métadonnées de haute qualité
• Les données sont placées dans le domaine public sous une désignation CC0 ouverte

L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 28 février 2022.

Les frais de publication de l'article - normalement 350$ - seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

Plus d'informations (en anglais) sur cette page.

Moustique tigre asiatique (Aedes albopictus), observé en République de Corée. Photo 2021 Jake David MacLennan via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

Le Secrétariat du GBIF recherche des candidatures de personnes ou d'institutions susceptibles d'améliorer la qualité et la réutilisabilité des données disponibles sur GBIF.org dans des environnements de cloud computing.

Avec un financement via une subvention du programme informatique mondial GEO-Microsoft, le/la contractant(e) sélectionné(e) mettra en œuvre des protocoles d'analyse de la diversité phylogénétique sur l'environnement Microsoft (MS) Azure à l'aide du logiciel Biodiverse, des données d'occurrence du réseau GBIF et des phylogénies d'OpenTree of Life (OToL).

Le Secrétariat du GBIF dirigera le projet avec le soutien de Shawn Laffan (logiciel Biodiverse | Université de Nouvelle-Galles du Sud) et Emily Jane McTavish (OpenTree of Life | Université de Californie Merced) et en partenariat avec le Groupe de travail sur la diversité phylogénétique (PDTF) de la Commission de la survie des espèces de l'UICN.

Contexte et dimension des travaux

En mai 2021, le GBIF a commencé à placer des instantanés mensuels des occurrences du GBIF dans le catalogue de données Microsoft Azure. La personne ou l'institution sous-traitée élargira ce travail, d'abord en implémentant le logiciel Biodiverse dans MS Azure, puis en développant et en évaluant la qualité des flux de filtrage pour les données d'occurrence accessibles via le GBIF dans le catalogue de données Microsoft Azure.

Le sous-ensemble de données filtré sera ensuite associé à la dernière phylogénie Open Tree of Life, produisant des produits de diversité phylogénétique spatialement explicites pour l'analyse de divers clades et zones géographiques. Le PDTF aidera à évaluer la qualité des produits de données résultants.

L'objectif du projet est de générer des produits de données mensuels automatisés, pouvant être utilisés dans la recherche sur la diversité phylogénétique d'ici la fin de la période de subvention.

Les tâches principales comprennent :

    Préparer des workflows pour le filtrage des données accessibles via le GBIF
    Évaluer la qualité des données filtrées
    Etablir la correspondance des noms entre les données véhiculées par OToL et GBIF
    Exécuter et évaluer des métriques sur la diversité phylogénétique intégrant les données d'occurrence accessibles via l'OToL et le GBIF à l'aide de Biodiverse
    Rédiger un manuscrit en tant que premier auteur basé sur ce travail, soit dans un article méthodologique ou comme analyse d'un grand clade

Le candidat sélectionné devra effectuer le travail à distance ou dans son établissement d'accueil. Les candidats doivent démontrer leur capacité à travailler de manière autonome et à rencontrer virtuellement des chefs de projet sur trois continents.

Compétences et expérience souhaitées

Le titulaire doit posséder des compétences exceptionnelles en bioinformatique, une bonne connaissance des données accessibles via le GBIF et une compréhension de l'informatique "cloud" et des analyses phylogénétiques.

Les compétences souhaitées incluent :

    Expérience dans l'analyse des données véhiculées par le GBIF
    Connaissance de R, Perl ou Python et des API
    Expérience démontrable du développement de logiciels open source et de flux de travail de traitement de données reproductibles
    Connaissance de la diversité phylogénétique, étayée par d'autres analyses de biodiversité phylogénétiques et spatialement explicites
    Expérience dans les systèmes de calcul distribués ou basés sur le cloud
    Diplôme supérieur dans un domaine pertinent lié à la biodiversité, à l'informatique ou au travail du GBIF, ou expérience équivalente
    Compétence professionnelle complète en anglais
    Expérience démontrée dans la rédaction de publications scientifiques
    Capacité à travailler à distance avec une supervision limitée

Rémunération

Le paiement du contrat s'élèvera à 60 000 USD, la durée de son mandat dépendant de l'expérience de l'entrepreneur et de la réalisation des livrables du projet. Le contrat et les livrables doivent être achevés en un an.

Plus de détails sur cet appel à propositions sur cette page (en anglais)

Bio-Dem, une application web open source pour explorer les relations temporelles et spatiales entre la disponibilité des données sur la biodiversité et les dimensions de la démocratie, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen 2021.

L'équipe internationale, dirigée par Alexander Zizka du Centre allemand de recherche intégrative sur la biodiversité Halle-Jena-Leipzig (iDiv), est bien implantée en Suède. M. Zizka a commencé à travailler sur Bio-Dem lors d'un contrat post-doctoral à l'Université de Göteborg, qui accueille actuellement trois membres de l'équipe Bio-Dem, avec Johannes Klein lié au Gothenburg Global Biodiversity Center (GGBC), Oskar Rydén, doctorant au Département de Sciences politiques et Staffan Lindberg, fondateur du Varieties of Democracy Institute. Daniel Edler est quant à lui lié à l'Université d'Umeå, tandis qu'Alexandre Antonelli, aujourd'hui directeur des sciences aux Jardins botaniques royaux de Kew, a conservé ses liens avec GGBC en tant que fondateur et ancien directeur.

Deux candidatures se sont partagé le deuxième prix du défi 2021 :

• Localisation des KBA, un flux de travail automatisé basé sur R développé par l'écologiste colombienne et analyste de données géospatiales Daniela Linero Triana qui exploite les données du GBIF pour identifier les zones clés potentielles pour la biodiversité dans les territoires définis par l'utilisateur, en recherchant des sites où des espèces menacées, migratrices et à aire de répartition restreinte sont identifiées en nombre important.
• plantR, une application et un flux de travail basés sur R développés par une équipe dirigée par l'écologiste brésilien Renato A. Ferreira de Lima en tant qu'environnement open source unique dans lequel les gestionnaires de données, les taxonomistes et les utilisateurs de données peuvent organiser et combiner des enregistrements de spécimens dans plusieurs collections.
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Plus di'nformations sur ces projets sur le site du GBIF (en anglais).