Les gagnants des Young Researchers Awards 2019 décernés par le GBIF ont été dévoilés : il s'agit de Nicky Nicolson, doctorante à l'University Brunel à Londres et de Marcos Zárate, Doctorant de l'Université nationale du Sur (UNS) hébergé au Centre pour l'étude des systèmes marins du Centre scientifique et technologique national de Patagonie (CCT CENPAT-CONICET). Ce dernier est le 1er Argentin à recevoir ce prix.

Les recherches de Nicky Nicolson commencent par regrouper les données numériques de spécimens d’herbiers partagés par l’intermédiaire de GBIF.org, afin d’identifier les collecteurs de spécimens sur le terrain et les expéditions qu’ils ont menées. L'exploration de données de ces entités implicites - souvent non gérées de manière formelle, mais reconnues par les chercheurs et les détenteurs de collections d'échantillons - permet de remodeler des agrégations de données telles que ce que propose le GBIF. Des résumés efficaces de données à grande échelle permettent de nouveaux résultats tels que la visualisation de données et la représentation graphique de réseaux.

Les recherches de Marcos Zárate explorent l’utilisation des technologies du Web sémantique et des données ouvertes qui y sont liées pour améliorer la qualité et l’interopérabilité des données. En créant un cadre riche en données pour établir et exploiter les interrelations entre les jeux de données et les applications, le Web sémantique facilite la réutilisation et l'interrogation des données à l'aide d'applications, de vocabulaires et d'ontologies partagés au-delà des frontières de la communauté.

Depuis leur création en 2010, les chefs de délégation nationaux du GBIF ont utilisé le Prix annuel Young Researchers pour promouvoir et encourager l'innovation dans la recherche liée à la biodiversité en utilisant des données partagées via le réseau GBIF.

Le jury 2019 du Young Researchers Award était constitué de :

• Anders G. Finstad* (chair) : Université norvégienne des sciences et technologies
• Jurate De Prins* : Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique
• Gregory Riccardi* : Université d'État de Floride
• Philippe Grandcolas* : Centre National de la Recherche Scientifique | Muséum national d’Histoire naturelle
• Emma Patricia Gomez Ruiz : Faculté des sciences biologiques, Université autonome de Nuevo León
• Erlend Nilsen : Institut norvégien de recherche sur la nature

* membre du comité scientifique du GBIF

Plus d'informations sur les travaux de Marcos Zárate et Nicky Nicolson sont disponibles en ligne (en anglais).

Marcos Zárate et Nicky Nicolson© Photos provenant du site GBIF.org

Jorge Velásquez-Tibatá, écologue colombien de l'organisation The Nature Conservancy, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen de 2019 pour le développement de Wherenext, un système Web au code source ouvert qui recommande des zones cibles pour les inventaires biologiques et la collecte de données.

WhereNext est une application Web interactive qui s'appuie sur les outils, les données et les services existants pour optimiser le processus de comparaison, de sélection et de comblement des lacunes dans les données sur la biodiversité. Une fois que les utilisateurs ont sélectionné un groupe taxonomique et une région d'intérêt, l'application génère des modèles qui recommandent de nouvelles zones d'étude basées sur les différences attendues dans les communautés d'espèces présentes dans différents environnements et habitats.

Gagnants du deuxième prix

Le jury de cette année a sélectionné trois autres équipes en tant que vainqueurs ex-aequo de la deuxième place et chacune recevra un prix de 5 000 €.

• occCite : Outils pour permettre la citation complète de données sur la biodiversité
  • Hannah L. Owens, Centre de macroécologie, évolution et climat, Institut GLOBE, Université de Copenhague, Danemark | Musée d'histoire naturelle de Floride, États-Unis d'Amérique
  • Cory Merow, Université du Connecticut, États Unis d'Amérique
  • Brian S. Maitner, Université de l'Arizona, États Unis d'Amérique
  • Vijay V. Barve & Robert Guralnick, Musée d'histoire naturelle de Floride, États Unis d'Amérique
• Organella
  • Andrea Biedermann, Diana Gert, Dimitar Ruszev & Paul Roeder, Université des sciences appliquées de Potsdam, Allemagne
• Rapid Least Concern : Évaluations automatisées de plantes à moindre risque pour la Liste rouge des espèces menacées de l'UICN (Liste rouge)
  • Steven Bachman, Barnaby Walker & Justin Moat, Royal Botanic Gardens, Kew, Royaume-Uni

Gagnants du troisième prix

Le jury a également désigné cinq autres équipes gagnantes de la troisième place, chacune recevant 1 500 euros. Ces soumissions sont décrites ci-dessous.

• Agile GBIF Publishing
  • Evgeniy Meyke, EarthCape, Finlande
• Biodiversity Information Review and Decision Support: the BIRDS package for R
  • Debora Arlt, Centre suédois d'information sur les espèces, Suède
  • Alejandro Ruete & Anton Hammarström, Greensway AB, Suède
• GB Sifter : Un filtre GBIF vers GenBank Data Sifter
  • Luis Allende, Université du Colorado à Boulder, États-Unis d'Amérique
• naturaList
  • Arthur Vinicius Rodrigues & Gabriel Nakamura, Université fédérale de Rio Grande do Sul, Brésil
• GeoNature-atlas : Publiez un atlas en ligne de la biodiversité avec les données GBIF de votre région
  • Camille Monchicourt, Théo Lechémia, Gil Deluermoz & Jordan Sellies, Parc national des Ecrins, France
  • Amandine Sahl, Parc national des Cevennes, France

Le challenge Ebbe Nielsen est un prix d'encouragement annuel qui rend hommage à la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.

Plus d'informations (en anglais) ici

Jorge Velásquez-Tibatá, écologiste spatial, a mis au point WhereNext, lauréat du premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen de 2019.

Lire l'appel à candidatures complet

Le secrétariat du GBIF recherche des candidatures pour effectuer une revue systématique de la littérature scientifique à l'aide de données véhiculées par le GBIF au cours des années 2016-2019. Cela impliquera:

• élaborer, peaufiner et, en consultation avec le secrétariat du GBIF et le comité scientifique du GBIF, convenir de la méthodologie optimale et des questions de recherche pour l'examen systématique
• sur cette base, effectuer la revue d'environ 2500 à 3000 titres publiés depuis que le GBIF a introduit les DOI pour la citation de données, et
• en tant que premier auteur, rédiger un rapport sous la forme d'un manuscrit prêt à être soumis du document de synthèse.

Les candidatures doivent inclure un résumé de l’approche proposée, y compris un schéma potentiel pour le rapport, un CV complet avec publications et d’autres exemples illustrant les activités pertinentes pour l’examen au cours des cinq dernières années.

• Date limite de candidature : 1er décembre 2019
• Début du contrat prévu : 1er janvier - 1er février 2020
• Durée du contrat : 6 mois

Veuillez vous référer à l'appel complet pour plus de détails concernant l'historique de la révision, la rémunération, la durée et les spécificités de l'application.

Lire l'actualité originale (en anglais) ici

L’UMS PatriNat a intégré plus de 1 800 000 données d’occurrences sur les espèces sur les territoires français (métropole et outre-mer), provenant d’institutions étrangères ayant diffusé des données sur la France dans le réseau GBIF.

Ces données, accessibles de façon libre et gratuite sur le site www.gbif.org et provenant de plus de 45 pays et territoires à travers le monde, ont été rassemblées et intégrées dans l’INPN en suivant les protocoles habituels de validation des données, afin de n’intégrer que celles étant conformes au standard et aux règles en vigueur dans le SINP.

Outre l’apport d’informations sur la biodiversité des territoires français (l’INPN a intégré des occurrences concernant plus de 40 000 taxons présents sur les territoires français), ce rapatriement de données a également permis d’enrichir la connaissance sur les taxons en contribuant à la prochaine mise à jour du référentiel taxonomique national TAXREF.

L’équipe du Secrétariat du GBIF a terminé la huitième mise à jour de la liste de référence taxonomique (taxonomic backbone) du GBIF.org, qui cherche à établir les correspondances et des liens pour toutes les données d’occurrences et de taxonomie.

Cette nouvelle version de la taxonomy a permis d’ajouter environ 725 000 noms, 85% d’entre eux concernant des espèces animales. La mise à jour comprend de plus 100 000 nouveaux taxons acceptés, qui ne figuraient pas dans les versions précédentes de la backbone taxonomy.

Les éléments clés de cette mise à jour incluent la dernière version du Catalogue of Life, qui partage 3,8 millions de noms, ainsi que deux jeux stables de DNA-based Operational Taxonomic Units (OTUs), avec un peu plus de 480 000 Barcode Index Numbers (BINs) provenant du International Barcode of Life (iBOL) et quelques 160 000 hypothèses d’espèces (SHs) pour la fonge, issues de la version 8 de UNITE.

D’autres sources majeures de noms pour la backbone taxonomy incluent :

• • le World Register of Marine Species (303 653 noms)
  • The Plant List (233 404 noms)
  • The Paleobiology Database (151 689 noms)
  • Index Fungorum (114 301 noms).

Une autre amélioration apportée est l’intégration des traitements taxonomiques partagés via Plazi, qui ont à eux seuls permis d’ajouter 48 000 noms, en majeure partie des taxons nouvellement décrits. La liste complète des sources pour la GBIF backbone taxonomy – comprenant les nombres exacts de noms ajoutés – est disponible sur la page du jeu de données.

Le processus de gestion de la taxonomic backbone est complexe et implique la réindexation de toutes les données d’occurrence du GBIF. Plus d’informations sur la structure de la backbone taxonomy et la façon dont elle est assemblée sont disponibles sur ce récent post de blog.