L’équipe du Secrétariat du GBIF a terminé la huitième mise à jour de la liste de référence taxonomique (taxonomic backbone) du GBIF.org, qui cherche à établir les correspondances et des liens pour toutes les données d’occurrences et de taxonomie.

Cette nouvelle version de la taxonomy a permis d’ajouter environ 725 000 noms, 85% d’entre eux concernant des espèces animales. La mise à jour comprend de plus 100 000 nouveaux taxons acceptés, qui ne figuraient pas dans les versions précédentes de la backbone taxonomy.

Les éléments clés de cette mise à jour incluent la dernière version du Catalogue of Life, qui partage 3,8 millions de noms, ainsi que deux jeux stables de DNA-based Operational Taxonomic Units (OTUs), avec un peu plus de 480 000 Barcode Index Numbers (BINs) provenant du International Barcode of Life (iBOL) et quelques 160 000 hypothèses d’espèces (SHs) pour la fonge, issues de la version 8 de UNITE.

D’autres sources majeures de noms pour la backbone taxonomy incluent :

• • le World Register of Marine Species (303 653 noms)
  • The Plant List (233 404 noms)
  • The Paleobiology Database (151 689 noms)
  • Index Fungorum (114 301 noms).

Une autre amélioration apportée est l’intégration des traitements taxonomiques partagés via Plazi, qui ont à eux seuls permis d’ajouter 48 000 noms, en majeure partie des taxons nouvellement décrits. La liste complète des sources pour la GBIF backbone taxonomy – comprenant les nombres exacts de noms ajoutés – est disponible sur la page du jeu de données.

Le processus de gestion de la taxonomic backbone est complexe et implique la réindexation de toutes les données d’occurrence du GBIF. Plus d’informations sur la structure de la backbone taxonomy et la façon dont elle est assemblée sont disponibles sur ce récent post de blog.

Plazi, une association à but non lucratif localisée à Berne (Suisse), a récemment rejoint le réseau GBIF comme organisation Participante. Cette association a pour but de faciliter et de promouvoir la diffusion de données sur la biodiversité issues de la littérature taxonomique en ligne.

Plazi a déjà mis en ligne plus de 1100 jeux de données sur le portail GBIF, et son entrée dans le réseau comme membre Participant lui permet de valider la connection de données d'autres fournisseurs suisses sur le GBIF. L'association gère également le Taxon Search Portal, un dépôt de littérature taxonomique en ligne, et a créé en 2014 un workflow fournissant un accès libre et immédiat aux données associées à la découverte de nouvelles espèces.

Plazi est la 39ème organisation Participante au GBIF, et le 94ème Membre toutes sections confondues.

Plus d'informations sont disponibles sur cette page (en anglais).