Le GBIF et le Journal of Limnology en libre accès, ont lancé un appel aux chercheurs pour qu'ils soumettent des data papers sur les espèces qui habitent les eaux intérieures du monde.

Alors que les environnements d'eau douce couvrent moins de 1 % de la surface de la Terre et contiennent moins de 3 % de toute l'eau de la planète, ils abritent au moins 10 % de toutes les espèces. De nombreux macro- et micro-organismes d'eau douce servent également de sentinelles pour la santé de ces écosystèmes, qui fournissent des avantages vitaux essentiels à toutes les espèces, même terrestres comme la nôtre. Malgré les graves menaces auxquelles la biodiversité des eaux douces est confrontée, la compréhension et les investissements dans sa protection sont généralement dérisoires par rapport à ceux dirigés vers les domaines terrestre et marin.

Pour aider les efforts visant à combler les lacunes dans les données primaires sur la biodiversité des espèces d'eau douce, le GBIF parrainera les frais de traitement des articles - normalement 624 € - pour les seize (16) premiers manuscrits acceptés par le Journal of Limnology pour décrire les jeux de données :

• Avec une avec une pertinence de recherche claire pour les espèces habitant ou dépendant des habitats d'eau douce
• avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org
• avec des données et des métadonnées de haute qualité
• ddédié au domaine public sous une désignation CC0 ouverte

La date limite de soumission est le 22 octobre 2022.

Voir la définition complète des termes ci-dessous.

« Nous sommes fiers de ce numéro spécial traitant de data papers sur la biodiversité des eaux douces en collaboration avec le GBIF », ont déclaré Diego Fontaneto et Michela Rogora, rédacteurs en chef du Journal of Limnology. « À une époque de perte de biodiversité et de pénurie d'eau, nous espérons que cet appel relancera l'intérêt pour les inventaires de la biodiversité des eaux douces. »

partagent un intérêt à soutenir les programmes de recherche et de politiques pour la biodiversité d'eau douce à toutes les échelles », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. « Nous sommes ravis de travailler avec eux pour augmenter la couverture des espèces dans les eaux intérieures du monde tout en nous appuyant sur des initiatives de mobilisation de données déjà réussies, comme nos récents appels à des données sur les vecteurs de maladies humaines et la biodiversité des sols. »

 

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément au guide pour les auteurs du Journal of Limmology avant le 22 octobre 2022.

Le parrainage est limité selon le principe du premier arrivé, premier servi aux seize (16) premières soumissions acceptées pour répondre à ces critères, de sorte que l'appel à soumissions peut clôturer la date limite indiquée. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « tactique du salami », n'est pas autorisée.

Les publications sélectionnées paraîtront dans un numéro spécial du Journal of Limnology fin 2022 ou début 2023. Le Journal est indexé à la fois dans Web of Science Impact Factor 1.673) et Scopus (CiteScore : 3.4).

Les locuteurs non natifs de l'anglais doivent s'assurer que leurs manuscrits soient vérifiés soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « contributeur ». Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits. Les soumissions mal écrites seront rejetées avant le processus d'examen par les pairs.

En plus des instructions aux auteurs, les manuscrits doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste des références de l'article
c) en incluant "GBIF Freshwater" dans les données du projet : titre et "2022" dans les données du projet : Identifiant dans les métadonnées du jeu de données.

Définition des termes utilisés

Jeux de données avec une pertinence de recherche claire pour les espèces habitant ou dépendant des habitats d'eau douce

Cet appel sponsorisé pour des data papers a un accent thématique sur les espèces qui dépendent des environnements d'eau douce. Les jeux de données peuvent contenir des enregistrements de « prises accessoires » pour des espèces terrestres ou marines, mais la grande majorité - environ 80 % - de tous les enregistrements d'un jeu de données donné doit concerner des espèces qui dépendent incontestablement des environnements d'eau douce pendant au moins une partie de leur vie.

Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences ou d'événements d'échantillonnage; cet article de blog peut aider les auteurs à déterminer la classe la plus appropriée pour organiser leurs données.
Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'événements d'échantillonnage existants.

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir environ 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org en 2022. Les jeux de données de liste de contrôle et d'événements d'échantillonnage en dessous du seuil peuvent être considérés comme éligibles sur la base d'une valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Les unités publiables minimales, la "tactique du salami" et les articles de version de jeux de données sont découragés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné.

De jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data paper promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data paper devrait idéalement être rédigé de manière à servir de vitrine, de citation bibliographique et de source permanente pour le jeu de données.

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera probablement de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du GBIF Data Validator est recommandée avant la publication.

Daphnie (Daphnia galeata Sars, 1864), observée en Russie par Ivan , sous license CC BY-NC 4.0.

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Le secrétariat du GBIF a publié les « premières versions finales » de trois documents sur le géoréférencement qui, tous, fournissent un ensemble d'outils essentiels pour améliorer la pratique de la représentation spatiale et de l'interprétation des informations de localisation.

Georeferencing Best Practices (Meilleures pratiques de géoréférencement) par Arthur Chapman et John Wieczorek offre un contexte théorique et des méthodes pour géoréférencer des localités descriptives. Le document met à jour les meilleures pratiques, les recommandations, les termes communs et les technologies développées et affinées depuis la publication du rapport des mêmes auteurs en 2006 Guide to Best Practices for Georeferencing (Guide des meilleures pratiques pour le géoréférencement).

Le Georeferencing Quick Reference Guide (Guide de référence rapide sur le géoréférencement) par Paula Zermoglio, Arthur Chapman, John Wieczorek, Maria Celeste Luna et David Bloom fournit un protocole citable sous la forme d'un guide pratique avec des règles et des procédures pour déterminer les formes des caractéristiques géospatiales et utiliser leurs résultats comme base pour le géoréférencement.

Le Georeferencing Calculator Manual (Manuel du calculateur de géoréférencement) par David Bloom, John Wieczorek et Paula Zermoglio donne des instructions pour le Georeferencing Calculator (Calculateur de géoréférencement). Cet outil basé sur un navigateur fonctionne à la fois en ligne et hors ligne, aidant les utilisateurs à géoréférencer des localités descriptives en utilisant la méthode du rayon de points basée sur la théorie donnée dans les meilleures pratiques de géoréférencement.

« C'est un honneur d'avoir eu l'occasion d'actualiser ces documents, de les rendre plus flexibles et dynamiques, et de les ouvrir plus facilement aux contributions de la communauté, » dit John Wieczorek de VertNet. « Il est tout à l'honneur du GBIF de rendre une telle documentation plus pertinente et d'accroître son impact potentiel. »

Les concepts et les méthodes présentés dans ces documents ont été développés depuis longtemps par l'équipe de VertNet dans le contexte général des données d'occurrence biologique. Toutefois, les principes et pratiques fondamentaux sont adaptés à une application dans toute autre discipline qui repose sur l'interprétation spatiale des lieux descriptifs.

« Des évaluations précises de la biodiversité, à quelque échelle que ce soit, reposent sur trois éléments d'information clés : what (identifications taxonomiques), when (date et heure) et where (lieu), » dit Niels Raes, gestionnaire de nœud pour le NLBIF, Centre d'information sur la biodiversité des Pays-Bas. « En fournissant les outils et les conseils essentiels pour dériver avec précision les coordonnées et l'incertitude des descriptions de localités, ces matériels peuvent aider les chercheurs et les gestionnaires de collections à accroître la qualité, l'utilité et la précision des données sur la biodiversité, tant à l'intérieur qu'à l'extérieur du réseau GBIF. »

Les trois documents représentent la pièce maîtresse du premier document numérique que le secrétariat du GBIF a commandé à VertNet pour remplir un engagement pris dans le programme de travail du GBIF pour 2019. Comme pour le guide pour la publication de données sur les espèces sensibles récemment publié et le guide à venir en espagnol pour l'utilisation d'OpenRefine, l'objectif de cet effort est de fournir des conseils techniques pour soutenir le développement des compétences et la formation dans les communautés de pratique du GBIF tout en améliorant les processus de mise à jour et de maintien des conseils dans le temps.

Les systèmes et les processus du programme sont conçus pour être aussi transparents, ouverts et autosurveillants que possible. Avant la publication des « premières versions finales » les membres de la communauté examinent les projets de documents conservés dans des dépôts GitHub ouverts et publiés aux formats HTML et PDF à l'aide d'une chaîne d'outils de publication à code source ouvert appelée AsciiDoctor. La communauté dynamique de traducteurs bénévoles du GBIF peut facilement fournir des versions dans d'autres langues de tout document en utilisant CrowdIn, qui fournit une licence non commerciale gratuite pour soutenir leurs efforts.

Les personnes intéressées par les futures publications, l'évaluation par les pairs et les possibilités de traduction dans le cadre de ce programme devraient envisager de s'inscrire à la liste de diffusion dédiée à la documentation numérique.

Baleine à bosse (Megaptera novaeangliae), Baie de Monterey, Californie, USA. Photo 2020 Robin Gwen Agarwal via iNaturalist CC BY-NC 4.0

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Le GBIF a publié trois nouveaux documents techniques destinés à être examinés par la communauté et apprécierait les contributions et commentaires sur chacune des publications suivantes :

• Georeferencing Best Practices, par Arthur Chapman & John Wieczorek
• Georeferencing Quick Reference Guide, par Paula Zermoglio, Arthur Chapman, John Wieczorek, Maria Celeste Luna & David Bloom
• Georeferencing Calculator Manual, par David Bloom, John Wieczorek & Paula Zermoglio

Pris ensemble, ces trois documents de géoréférencement fournissent des outils essentiels pour améliorer la pratique de l'interprétation spatiale des lieux, en particulier (mais pas exclusivement) pour ceux qui travaillent avec des données d'occurrence biologique provenant de collections scientifiques muséales. Le guide des meilleures pratiques fournit un contexte théorique et des méthodes de géoréférencement de localités descriptives ainsi que des termes et technologies communs. Le Quick Guide propose des conseils pratiques et un protocole citable pour les projets de géoréférencement. Enfin, le manuel explique comment utiliser la calculatrice de géoréférencement, un outil créé pour aider au géoréférencement des localités décrites.

Les membres de la communauté souhaitant participer en tant que pairs évaluateurs sont encouragés à consulter les directives destinées aux contributeurs, puis à proposer leurs suggestions pour améliorer les documents, via GitHub avant la date limite du 1^er novembre 2020.

Les nouveaux documents complètent le premier ensemble de travaux que le Secrétariat du GBIF a commandé à VertNet pour lancer le programme de documentation numérique. Ces documents reflètent l'engagement pris pour la première fois dans le Programme de travail du GBIF pour 2019, qui visait à renforcer les compétences techniques et la formation dans les communautés de pratique du GBIF, non seulement en mettant à jour les orientations disponibles, mais aussi en améliorant les processus de maintien de celles-ci au fil du temps.

En plus des contributions sur les documents, les commentaires sur le processus d'examen par les pairs de la communauté et le programme de documentation numérique (y compris les suggestions sur les sujets que nous devrions envisager de couvrir) sont toujours les bienvenus à communication@gbif.org.

s'abonner à la liste de diffusion « documentation numérique » du GBIF. Le GBIF publiera également des annonces sur ses comptes Twitter et LinkedIn.

Comment participer à l'examen par les pairs de la communauté ?

Les membres de la communauté intéressés à contribuer à ce processus d'examen par les pairs peuvent lire la présentation du programme de documentation numérique pour placer leur efforts dans le contexte, puis passer en revue les instructions et attentes spécifiques sur la manière de proposer des suggestions et des améliorations.

Pour faire entendre votre voix et participer en tant que réviseur, nous demandons aux membres de la communauté de :

1. Créer un compte GitHub(vpoir la vidéo de présentation).
2. Lire les documents Géoréférencement Meilleures pratiques, Géoréférencement Guide de référence rapide & Manuel de géoréférencement
3. Créer et commenter les problèmes sur le référentiel GitHub approprié (voir la vidéo de présentation) :
   • Géoréférencement Meilleures pratiques
   • Géoréférencement Guide de référence rapide
   • Manuel du calculateur de géoréférencement
4. Lancer, suivre et soutenir les discussions sur le forum de la communauté GBIF

Veuillez vous rappeler que toutes les interactions dans le cadre de ce processus doivent respecter le code de conduite du GBIF, qui vise à encourager un « environnement sûr, hospitalier et productif » c'est-à-dire « professionnel, respectueux et sans harcèlement pour tous les participants.»

Date limite pour l'examen par la communauté : 1^er novembre 2020

Photo : Dauphin de Commerson ( Cephalorhynchus commersonii ), au large de Chubut, Argentine © Gabriel Laufer / iNaturalist - CC0

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