Le point nodal GBIF France recherche un.e Ingénieur.e Bioinformatique expérimenté.e pour un poste rattaché à l'Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (UMR ISYEB) en CDD de droit public renouvelable ; le travail sera mené conjointement avec l'Unité PatriNat (centre d’expertise et de données sur la nature), à laquelle le point nodal GBIF France est intégré.

Le ou la titulaire aura la responsabilité de la mise en œuvre, du suivi et de la maintenance des systèmes d’information du GBIF France et du portail OpenObs, et de leur adaptation dans le cadre d’utilisations nationales ainsi que de la contribution à l’évolution de ces outils dans la communauté internationale.

L’ingénieur.e travaillera en lien avec les développeurs de l’équipe Applications informatiques, les gestionnaires de données de l’équipe Données et analyse ainsi qu’avec le réseau des informaticiens de la communauté GBIF/ Living Atlases.

Le dossier de candidature (CV + lettre de motivation) est à envoyer avant le 14 janvier 2024 via le formulaire de la fiche de poste.

Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, ou Système mondial d'information sur la biodiversité) est un réseau international dont le but est de mettre à disposition le maximum de données primaires sur la biodiversité via le portail www.gbif.org, de façon libre et gratuite.

Ces données primaires, aussi appelées données d’occurrences d’espèces, permettent de détailler où, quand, comment et par qui des représentants de toutes sortes d’espèces animales, végétales et d’autres groupes taxonomiques ont été observés ou collectés. Ces informations peuvent également prendre la forme de listes d’espèces ou d’échantillonnages naturalistes.

L’INPN (Inventaire national du patrimoine naturel), piloté par PatriNat, constitue la plateforme nationale du Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP). Cet inventaire contribue au GBIF depuis plusieurs années, en partageant au niveau international les données d’occurrences d’espèces rassemblées par les producteurs de données français sur le territoire national, métropole et outre-mer inclus. Ces données d’observation d’espèces sont transmises par les partenaires (associations naturalistes, bureaux d’études environnementales, services de l'État...), que ce soit au niveau régional grâce au travail des plateformes régionales du SINP et de leurs réseaux, mais également grâce aux réseaux de production nationaux.

Cette contribution a encore augmenté en 2022 avec la diffusion vers le GBIF de plus de 19 millions de nouvelles données, portant à 101 millions le total des données partagées par PatriNat dans ce système d’information mondial sur la biodiversité ; cela fait de la France le 3^e pays contributeur en termes de nombre de données partagées, issues de plusieurs centaines de producteurs.

Cette contribution 2022 vers le GBIF a été marquée par l’ajout des données provenant des études d’impacts environnementaux et des projets d’aménagements concernés par le dispositif DEPOBIO, qui gère le dépôt légal des données brutes de biodiversité issues du secteur privé. Cela représente plusieurs milliers de nouveaux jeux de données sur tous les territoires français, qui viennent enrichir la connaissance des espèces au niveau national et international.

Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques : suivi des espèces envahissantes et des zoonoses, identification des zones à protéger en priorité, étude de la répartition et de la migration des espèces, etc. L’utilisation des données mises en ligne sur GBIF.org est compilée chaque année dans la revue scientifique du GBIF.

Le GBIF France, en association avec PatriNat dans laquelle il est intégré, remercie tous les producteurs et éditeurs de données français ayant contribué au GBIF et reste disponible à l'adresse gbif@gbif.fr pour accompagner la mise en ligne ou l'utilisation des données accessibles dans le réseau GBIF !

En savoir plus

• Voir la page data publisher de PatriNat sur gbif.org
• Voir le site du dispositif DEPOBIO
• Voir la Revue scientifique du GBIF
• Voir la vidéo « Le SINP et la sphère internationale » décrivant les flux de données entre SINP et GBIF
• Voir le Guide d’accompagnement pour la transmission des données d’observation sur les espèces dans le cadre de programmes nationaux

Crédits photos

• Rosalie des Alpes Rosalia alpina © Julien Touroult

Cette nouvelle diffusion porte le nombre total de données diffusé par l’UMS PatriNat dans le GBIF à plus de 71 millions (répartis dans 2 390 jeux de données), et le nombre total de données françaises à plus de 82 millions. La France devient ainsi le 4^e pays contributeur du réseau GBIF, en termes de données publiées.

Ces données, agrégées par l’INPN, proviennent de sources variées sur tout le territoire français métropolitain et ultra-marin : associations naturalistes et sociétés savantes, conservatoires botaniques, experts ou encore programmes de science citoyenne et participative.

Elles sont désormais accessibles de façon libre et gratuite sur le site www.gbif.org , où elles peuvent être consultées et utilisées par la communauté scientifique internationale ; leur citation peut être suivie grâce au DOI (Digital Object Identifier) attribué à chaque jeu de données mis en ligne ou à chaque résultat de requête sur GBIF.org.

L’utilisation des données mises en ligne sur GBIF.org est compilée chaque année dans la Revue Scientifique du GBIF.

L'appel à projets pour la contribution à la connaissance naturaliste est relancé pour l'année 2020.

Cet appel à projets s’adresse en priorité aux associations naturalistes et sociétés savantes impliquées dans la connaissance et/ou conservation de la biodiversité, par une action s’inscrivant dans des projets de portée nationale (Outre-Mer compris).

Les propositions devront être envoyées au plus tard le 9 février 2020 à l'adresse aap-inpn@mnhn.fr

PDF de l'appel à projets INPN : http://www.gbif.fr/sites/default/files/Appel_projets_INPN_2020.pdf

L’UMS PatriNat a intégré plus de 1 800 000 données d’occurrences sur les espèces sur les territoires français (métropole et outre-mer), provenant d’institutions étrangères ayant diffusé des données sur la France dans le réseau GBIF.

Ces données, accessibles de façon libre et gratuite sur le site www.gbif.org et provenant de plus de 45 pays et territoires à travers le monde, ont été rassemblées et intégrées dans l’INPN en suivant les protocoles habituels de validation des données, afin de n’intégrer que celles étant conformes au standard et aux règles en vigueur dans le SINP.

Outre l’apport d’informations sur la biodiversité des territoires français (l’INPN a intégré des occurrences concernant plus de 40 000 taxons présents sur les territoires français), ce rapatriement de données a également permis d’enrichir la connaissance sur les taxons en contribuant à la prochaine mise à jour du référentiel taxonomique national TAXREF.