Lundi 23 Décembre 2024

jeux

La plateforme Pl@ntNet a publié, dans le GBIF, ces premiers jeux de données :

 

Pl@ntNet observations

620 710 occurrences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

Les observations de cette collection sont celles pour lesquelles les auteurs acceptent de partager les images associées sous une licence Creative Commons et pour lesquelles le nom de l'espèce est considéré comme valide.

 

Pl@ntNet automatically identified occurrences

5 997 016 occurrences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

Les occurrences de cette collection sont des observations Pl@ntNet qui n'ont été identifiées que par l'algorithme d'apprentissage en profondeur mais dont la confiance de l'algorithme était suffisamment élevée pour les considérer comme valides.

 

Site officiel de Pl@ntNet

Le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, sont heureux de lancer un appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la Russie européenne (à l'ouest de l'Oural) dans une édition spéciale à venir du Biodiversity Data Journal (BDJ).

 

D'ici le 31 août 2020, les frais de traitement des articles (normalement 450 €) seront supprimés pour les 20 premiers articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères suivants :

 

Le manuscrit doit être préparé en anglais et soumis conformément aux instructions du BDJ aux auteurs avant le 31 août 2020. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

 

Le parrainage est limité aux 20 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc être clôturé avant la date limite fixée au 31 août. Les auteurs peuvent contribuer à plusieurs manuscrits, mais la division artificielle des données et des description de données logiquement uniformes, ou «saucissonnage», n'est pas autorisée.

 

En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, il est nécessaire que les jeux de données référencés à partir de Data paper a) citent le DOI du jeu de données et b) apparaissent dans la liste de références du document.

 

Plus d'information (en anglais) ici

 

Grand bourdon à queue rouge (Bombus lapidarius), District de Mikhailovsky, Fédération de Russie. Photo 2019 Polina Yakovlevna Likhacheva via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-NC 4.0.

L'Unité Mixte de Recherche EcoFoG (Ecologie des Forêts de Guyane) a publié, dans le GBIF, le jeu de données suivant :
 

Fungi of French Guiana

5 219 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

L'ensemble de données Champignons de Guyane française: permet de recueillir des données taxonomiques, environnementales et moléculaires grâce à un plan d'échantillonnage exhaustif, stratifié et reproductible dans 126 parcelles représentatives des principaux habitats forestiers

 

Une autre institution française, l'Institut Pasteur de la Guyane, a également partagé un jeu de données sur le GBIF :

A database of Anopheles (Diptera, Culicidae): historical presence records in French Guiana and in the state of Amapá, in South America

3 917 occurences - Lien vers la page du jeu de données sur GBIF.org

La Guyane française, un territoire français, et Amapá, un État brésilien, sont situés dans une zone intertropicale d'Amérique du Sud. Ils fournissent un excellent climat à la présence de vecteurs du paludisme, et notamment du principal vecteur d'Amérique du Sud, Anopheles darlingi. Cette base de données regroupe différentes occurrences d'anophèles en Guyane française et dans l'État d'Amapá entre 1902 et 2014. Elle vise à compléter la connaissance limitée de la répartition des anophèles dans cette région, où la situation transfrontalière est un obstacle majeur à l'élimination du paludisme.

Chacun des jeux de données d'événements d'échantillonnage publiés sur GBIF.org comprend maintenant une liste complète des enquêtes individuelles ou des événements d'échantillonnage qu'il contient.
Une table affichant ces «événements» individuels apparaît sous la carte de jeu de données.
Celle-ci fournit des liens directs vers les aperçus des événements et vers les jeux d'enregistrements d'occurrence qui leur sont connectés. Cet ajout est le premier d'une série d'améliorations par étapes des processus d'indexation des données du GBIF. Cette série permettra d'améliorer l'intégration et l'affichage des données de surveillance écologique sur GBIF.org.

 

Le format d'échantillonnage permet aux écologistes de partager leurs données tout en représentant adéquatement des détails tels que l'effort d'échantillonnage, la présence ou l'absence d'espèces et les attributs de l'abondance. Les chercheurs qui téléchargent ces données peuvent les utiliser pour produire des analyses complexes sur les processus et les changements écologiques à grande échelle. Ensemble, la liste des événements et les prochaines améliorations à venir faciliteront l'exploration, la visualisation et l'utilisation de séries de données chronologiques, d'atlas et d'enquêtes normalisées de qualité supérieure en tant que groupes d'événements d'échantillonnage comparables.

 

Les jeux de données sur les échantillons d'échantillonnage proviennent de milliers de différents études environnementales, écologiques et de ressources naturelles. Les «événements» eux-mêmes peuvent inclure des enquêtes de terrain occasionnelles aux efforts systématiques de surveillance et d'évaluation à long terme.
Ces efforts peuvent concernés (entre autres) : des échantillonnage d'eau douce et d'eau marine, des couverture de plantes et de parcelles végétales, des comptages d'oiseaux et de papillons via les science citoyenne.

 

Exemples de jeux de données d'événements d'échantillonnage :

 

Les données d'échantillonnage d'événements supportent des analyses statistiques plus complexes que ce qui peut être réalisé en utilisant des preuves de type ‘presence-only’ (voir ci-dessous). Des comptages ou des mesures répétés provenant d'enquêtes bien planifiées, et même l'absence d'une espèce particulière d'un échantillon donné, permettent aux utilisateurs de données de comparer plus facilement des données provenant d'époques et de lieux différents. En particulier, les données d'échantillonnage peuvent soutenir des estimations de population, d'abondance et, en particulier, de dynamique de populations. Cela offre non seulement la possibilité de décrire les modèles de la biodiversité, mais aussi les processus écologiques et les changements globaux.

 

Pour en savoir plus: Introduction aux données d'événements d'échantillonnage

 

Le GBIF, ses partenaires dans le projet EU BON et d'autres acteurs ont développé l'extension Event Core au standard Darwin Core. Cela permet le partage de telles données par et avec des chercheurs écologiques mondialement. Depuis que le support des jeux de données d'événements d'échantillonnage a été introduit en 2015, un nombre croissant d'éditeurs de données ont adopté le format pour le partage de leurs données.

 

Les partenaire clés du réseaux GBIF ont également adopté le standard de données Event Core. Le Système d'information biogéographique sur l'océan, plus connu sous le nom d'OBIS, en fait la promotion conjointement à l'extension des mesures et des faits qu'ils ont développée. Dans le même temps, GEO BON encourage l'utilisation de jeux de données d'événements d'échantillonnage pour mobiliser les données d'enquête de haute qualité. Ces données sont nécessaires pour soutenir les variables de la biodiversité essentielles EBVs.

 

Importance de l'étape

 

Chacun des d'enregistrements d'occurrences publiés à travers le réseau GBIF (plus d'un milliard) offre la preuve de la présence d'un organisme spécifique à un moment et à un endroit donnés. La relative facilité de publier des données ‘presence-only’ a permis une collaboration entre les institutions et les individus partageant des données d'une ampleur et d'une valeur sans précédent pour la science et la société. La présentation de ces preuves de façon standardisée, quelle que soit leur origine ou comment et où elles ont été recueillies, a permis aux chercheurs de mieux comprendre la répartition des espèces. Cela a aussi permit une meilleur compréhension des rôles de l'environnement, du climat, de l'utilisation des terres et de nombreux autres facteurs dans des modèles structuré de biodiversité.

 

De nombreux jeux de données qui contribuent au GBIF proviennent de ce type d'activité. Jusqu'à récemment le GBIF n'offrait pas aux chercheurs les outils pour partager les éléments nécessaires pour représenter les événements d'échantillonnage individuels. Ces éléments essentiel étant des références aux méthodes et protocoles utilisés. Les outils manque également pour documenter les l'abondance de chaque espèce dans ces échantillons ou, le cas échéant, l'absence d'une espèce d'intérêt d'un échantillon.

 

À l'heure actuelle, les pages d'événements individuels n'incluent pas d'informations sur les espèces qui étaient absentes d'un événement d'échantillonnage donné, et il se peut qu'elles ne montrent pas encore toute la plage de dates de l'événement. Au cours des prochains mois, le GBIF s'attaquera à ces restrictions et indiquera également les dénombrements ou les mesures d'abondance au lieu du nombre de mentions d'occurrence pour chaque espèce. Une fois la série complète d'améliorations mise en place, le GBIF prévoyons de préparer des aperçus et des visualisations supplémentaires pour les événements d'échantillonnage de chaque ensemble de données. De plus, il prévoit de créer également des outils pour explorer les événements de différents jeux de données utilisant les mêmes protocoles d'enquête.

 

Le GBIF accueille les commentaires des utilisateurs et des éditeurs sur ces changements ainsi que des recommandations sur la meilleure façon d'améliorer l'accès aux données sur les événements d'échantillonnage au sein du site GBIF.org. Il encourage toutes les communautés de recherche concernées à adopter cette approche et à rendre leurs données aussi accessibles que possible pour la communauté scientifique dans son ensemble.

 

Si vous avez besoin d'aide ou souhaitez en savoir plus sur le partage de données d'événements d'échantillonnage, n'hésitez pas à contacter helpdesk@gbif.org .

 

Pour plus d'informations, consulter la page originale (en anglais) ici

 

 

Liste des événements des jeux de données d'échantillonnage, espèces démersales et pélagiques de poissons et calmars du plateau patagonien

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