Mercredi 27 Novembre 2024

GBIF.org

Depuis le 20 septembre, le GBIF.org a ajouté le français à son panel de langues (rejoignant les versions en Japonais, Espagnol et Portugais).

La traduction de l'interface utilisateur est prête, la traduction du contenu étant la prochaine étape.

Ce travail n'aurait pas pu être réalisés sans les efforts des équipe de Canadensys, GBIFFrance et de Biodiversity_be !

En vous souhaitant une bonne visite sur le GBIF.org

Chacun des jeux de données d'événements d'échantillonnage publiés sur GBIF.org comprend maintenant une liste complète des enquêtes individuelles ou des événements d'échantillonnage qu'il contient.
Une table affichant ces «événements» individuels apparaît sous la carte de jeu de données.
Celle-ci fournit des liens directs vers les aperçus des événements et vers les jeux d'enregistrements d'occurrence qui leur sont connectés. Cet ajout est le premier d'une série d'améliorations par étapes des processus d'indexation des données du GBIF. Cette série permettra d'améliorer l'intégration et l'affichage des données de surveillance écologique sur GBIF.org.

 

Le format d'échantillonnage permet aux écologistes de partager leurs données tout en représentant adéquatement des détails tels que l'effort d'échantillonnage, la présence ou l'absence d'espèces et les attributs de l'abondance. Les chercheurs qui téléchargent ces données peuvent les utiliser pour produire des analyses complexes sur les processus et les changements écologiques à grande échelle. Ensemble, la liste des événements et les prochaines améliorations à venir faciliteront l'exploration, la visualisation et l'utilisation de séries de données chronologiques, d'atlas et d'enquêtes normalisées de qualité supérieure en tant que groupes d'événements d'échantillonnage comparables.

 

Les jeux de données sur les échantillons d'échantillonnage proviennent de milliers de différents études environnementales, écologiques et de ressources naturelles. Les «événements» eux-mêmes peuvent inclure des enquêtes de terrain occasionnelles aux efforts systématiques de surveillance et d'évaluation à long terme.
Ces efforts peuvent concernés (entre autres) : des échantillonnage d'eau douce et d'eau marine, des couverture de plantes et de parcelles végétales, des comptages d'oiseaux et de papillons via les science citoyenne.

 

Exemples de jeux de données d'événements d'échantillonnage :

 

Les données d'échantillonnage d'événements supportent des analyses statistiques plus complexes que ce qui peut être réalisé en utilisant des preuves de type ‘presence-only’ (voir ci-dessous). Des comptages ou des mesures répétés provenant d'enquêtes bien planifiées, et même l'absence d'une espèce particulière d'un échantillon donné, permettent aux utilisateurs de données de comparer plus facilement des données provenant d'époques et de lieux différents. En particulier, les données d'échantillonnage peuvent soutenir des estimations de population, d'abondance et, en particulier, de dynamique de populations. Cela offre non seulement la possibilité de décrire les modèles de la biodiversité, mais aussi les processus écologiques et les changements globaux.

 

Pour en savoir plus: Introduction aux données d'événements d'échantillonnage

 

Le GBIF, ses partenaires dans le projet EU BON et d'autres acteurs ont développé l'extension Event Core au standard Darwin Core. Cela permet le partage de telles données par et avec des chercheurs écologiques mondialement. Depuis que le support des jeux de données d'événements d'échantillonnage a été introduit en 2015, un nombre croissant d'éditeurs de données ont adopté le format pour le partage de leurs données.

 

Les partenaire clés du réseaux GBIF ont également adopté le standard de données Event Core. Le Système d'information biogéographique sur l'océan, plus connu sous le nom d'OBIS, en fait la promotion conjointement à l'extension des mesures et des faits qu'ils ont développée. Dans le même temps, GEO BON encourage l'utilisation de jeux de données d'événements d'échantillonnage pour mobiliser les données d'enquête de haute qualité. Ces données sont nécessaires pour soutenir les variables de la biodiversité essentielles EBVs.

 

Importance de l'étape

 

Chacun des d'enregistrements d'occurrences publiés à travers le réseau GBIF (plus d'un milliard) offre la preuve de la présence d'un organisme spécifique à un moment et à un endroit donnés. La relative facilité de publier des données ‘presence-only’ a permis une collaboration entre les institutions et les individus partageant des données d'une ampleur et d'une valeur sans précédent pour la science et la société. La présentation de ces preuves de façon standardisée, quelle que soit leur origine ou comment et où elles ont été recueillies, a permis aux chercheurs de mieux comprendre la répartition des espèces. Cela a aussi permit une meilleur compréhension des rôles de l'environnement, du climat, de l'utilisation des terres et de nombreux autres facteurs dans des modèles structuré de biodiversité.

 

De nombreux jeux de données qui contribuent au GBIF proviennent de ce type d'activité. Jusqu'à récemment le GBIF n'offrait pas aux chercheurs les outils pour partager les éléments nécessaires pour représenter les événements d'échantillonnage individuels. Ces éléments essentiel étant des références aux méthodes et protocoles utilisés. Les outils manque également pour documenter les l'abondance de chaque espèce dans ces échantillons ou, le cas échéant, l'absence d'une espèce d'intérêt d'un échantillon.

 

À l'heure actuelle, les pages d'événements individuels n'incluent pas d'informations sur les espèces qui étaient absentes d'un événement d'échantillonnage donné, et il se peut qu'elles ne montrent pas encore toute la plage de dates de l'événement. Au cours des prochains mois, le GBIF s'attaquera à ces restrictions et indiquera également les dénombrements ou les mesures d'abondance au lieu du nombre de mentions d'occurrence pour chaque espèce. Une fois la série complète d'améliorations mise en place, le GBIF prévoyons de préparer des aperçus et des visualisations supplémentaires pour les événements d'échantillonnage de chaque ensemble de données. De plus, il prévoit de créer également des outils pour explorer les événements de différents jeux de données utilisant les mêmes protocoles d'enquête.

 

Le GBIF accueille les commentaires des utilisateurs et des éditeurs sur ces changements ainsi que des recommandations sur la meilleure façon d'améliorer l'accès aux données sur les événements d'échantillonnage au sein du site GBIF.org. Il encourage toutes les communautés de recherche concernées à adopter cette approche et à rendre leurs données aussi accessibles que possible pour la communauté scientifique dans son ensemble.

 

Si vous avez besoin d'aide ou souhaitez en savoir plus sur le partage de données d'événements d'échantillonnage, n'hésitez pas à contacter helpdesk@gbif.org .

 

Pour plus d'informations, consulter la page originale (en anglais) ici

 

 

Liste des événements des jeux de données d'échantillonnage, espèces démersales et pélagiques de poissons et calmars du plateau patagonien

Grâce au nouveau validateur de données du GBIF, les éditeurs de données peuvent améliorer la qualité de leurs jeux de données : le logiciel identifie les problèmes potentiels avant la phase de publication, permettant ainsi à l'utilisateur de les corriger.

L'équipe informatique du Secrétariat du GBIF a développé une version «early release» du service avec pour objectif de l'améliorer, en grande partie grâce au retours des utilisateurs. Le service effectue les mêmes contrôles que ceux effectués après la publication des jeux de données sur le GBIF.org. Cela permet de signaler des erreurs avant la publication.
C'est également le premier outil permettant d'interpréter et de valider le contenu d'un jeu de données ainsi que sa structure.

Les utilisateurs qui chargent un jeu de données (en utilisant un des formats acceptés) dans le validateur reçoivent rapidement un rapport.
Celui-ci interprète le jeu de données et met en évidence les problèmes potentiels concernant son contenu, sa syntaxe et sa structure.
Les types de fichiers pris en charge incluent :
    - les archives Darwin Core (DwC-A)
    - les modèles de jeux de données GBIF standard
    - les fichiers CSV simples qui contiennent des termes Darwin Core dans leur première rangée.

Ceux qui souhaitent valider de grands jeux de données peuvent également soumettre des URL de jeux de données.

Le temps de traitement varie en fonction de la taille du jeu de données. Toutefois, étant donné que chaque nouveau processus de validation génère un identifiant unique de travail, les utilisateurs disposant de grands jeux de données, ou limités dans le temps, peuvent mettre en "marque-page" l'URL de leur rapport et y revenir plus tard.

Chaque rapport de validation contient:

    - un résumé rapide du jeu de données qui indique si le GBIF.org peut indexer le fichier avec succès ou non
    - un aperçu des problèmes d'interprétation du GBIF pour le jeu de données
    - un résumé détaillé de tous les problèmes rencontrés avec les métadonnées, le coeur du jeu de données et ses extensions
    - le nombre d'enregistrements interprétés avec succès
    - la fréquence des termes utilisés dans le jeu de données
    
Les utilisateurs du validateur de données peuvent également voir comment leurs métadonnées apparaîtront une fois celle-ci publiées sur le GBIF.org.

Les utilisateurs, dont les rapports de validation permettent d'identifier les problèmes bloquants liés à l'indexation de leurs jeux de données, peuvent se concentrer sur la résolution de ceux-ci avant de procéder à la publication.
Dans le même temps, les utilisateurs dont les jeux de données ont été validés peuvent examiner attentivement d'autres problèmes moins graves ou des erreurs de conversion et ainsi améliorer encore la qualité de leurs données.
Tous les utilisateurs sont encouragés à envoyer des jeux de données dans le validateur, que les erreurs qu'ils souhaitent détecter soient importantes, systématiques ou uniques.

Comme tous les outils GBIF, le validateur de données est un logiciel open-source, avec son code source et sa documentation disponibles dans le dossier GitHub du projet.

Cliquez sur les liens suivants pour en savoir plus sur le validateur de données ou, mieux encore, comment mettre l'outil à disposition. Les retours des utilisateurs seront à la fois bienvenus et essentiels pour affiner ce service et aider les éditeurs de données à résoudre les problèmes potentiels avec leurs jeux de données, de manière rapide et efficace.

 

Plus d'informations ici (en anglais)

 

Hachemort à la tête de la mort (Acherontia atropos) avec des abeilles mellifères (Apis melifera). Photo de blingbeek via des observations d'iNaturalist Research sous licence CC BY-NC 4.0.

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