Le journal GigaByte a publié une série spéciale de 11 articles « Data Release » qui décrivent des ensembles de données sur la biodiversité partagées via le GBIF concernant les vecteurs de maladies humaines.

Ce numéro spécial présente une grande variété de données - plus de 500 000 nouvelles occurrences d'espèces vectrices dans le monde - relatives à la présence, à la propagation et à la diversité des organismes qui transmettent des virus, des bactéries et des parasites à l'homme. Représentant le travail d'auteurs de 31 pays et territoires, la publication est le produit d'un partenariat entre GigaScience Press et le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales (TDR), hébergé par l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

L'accès libre et ouvert aux données sur la biodiversité décrites dans les articles permet la recherche et l'analyse nécessaires pour faire face aux menaces et au fardeau croissant que les maladies à transmission vectorielle font peser sur les écosystèmes et la santé humaine. Le travail des auteurs encourage également le partage de données via le GBIF pour suivre et évaluer des espèces particulières, en particulier là où il comble des lacunes géographiques où la présence de ces organismes n'a pas encore été bien documentée.

« Il s'agit d'un effort important pour partager des données sur les vecteurs qui sont essentielles dans la lutte contre les maladies à transmission vectorielle », a déclaré Florence Fouque, scientifique et point focal pour les vecteurs au TDR. « Nous espérons que cela encouragera un partage plus large de ces données. »

La difficulté de mener à bien un appel mondial à de nouvelles données de ce type est réduite en créant des mécanismes d'incitation à la collecte, au partage et à la découverte de données. À l'heure actuelle, l'un des meilleurs moyens de surmonter ces difficultés consiste à publier des data papers, which provide scholarly credit for the researchers whose vital work in this area often fails to receive appropriate recognition. Such papers also serve to drive readers directly to the data available through GBIF.

« La réponse à cette série de documents de données montre l'énorme potentiel d'amélioration de la disponibilité des données sur les espèces liées aux maladies humaines" », a déclaré Tim Hirsch, directeur adjoint du GBIF. « De telles données existent souvent déjà mais sont déconnectées et indisponibles pour une réutilisation, mais par en l'ouvrant aux chercheurs et aux décideurs politiques et en les alertant via des descriptions évaluées par des pairs, nous pouvons soutenir une meilleure compréhension et de meilleures politiques qui reflètent les liens inextricables entre la biodiversité et la santé humaine. »

Scott Edmunds, rédacteur en chef de GigaScience et GigaByte, a fourni un aperçu utile de chacun des articles de la série dans ce billet de blog.

Résumé des articles et des jeux de données de la série

À propos de GigaByte Journal

GigaByte est une revue en libre accès et en science ouverte publiée par GigaScience Press, la division Open Access et Open Data Publishing de BGI. Comme avec sa revue sœur, GigaScience, GigaByte publie TOUS les objets de recherche réutilisables et partageables, tels que les données, les outils logiciels et les flux de travail, issus de la recherche axée sur les données, dans le but principal d'adapter la vitesse de publication à la vitesse de la recherche.
En savoir plus.

À propos de TDR

TDR, le Programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales, est un programme mondial de collaboration scientifique qui aide à faciliter, soutenir et influencer les efforts de lutte contre les maladies de la pauvreté. Il est coparrainé par le Fonds des Nations Unies pour l'enfance (UNICEF), le Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD), la Banque mondiale et l'Organisation mondiale de la santén (OMS).

Aedes albopictus (Skuse, 1894), observé par un utilisateur anonyme de Mosquito alert à Sant Celoni, Catalogne, Espagne, sous licence Creative common CC BY-NC 4.0

Lire l'article original

Début décembre 2020, la France a dépassé le seuil des 100 millions de données primaires sur la biodiversité, partagées et en accès libre dans le réseau GBIF.
Voir la carte des données publiées par la France

Ce bel exemple de science ouverte est rendu possible grâce aux données remontées par 59 éditeurs de données nationaux, réparties dans plus de 2500 jeux de données provenant de sources diverses : collections naturalistes, observations et suivi de la biodiversité récoltées dans le cadre du SINP ou des programmes de sciences participatives, bases de données universitaires et de recherche ou expéditions scientifiques.

Ces données concernent aussi bien les territoires français (83,6% des données partagées par les producteurs français) que les pays étrangers (16,4% des données) et contribuent ainsi à l'amélioration des connaissances sur ces territoires.

Une grande diversité des acteurs est observé chez les contributeurs nationaux : on retrouve les principales plateformes nationales d’agrégation, des muséums, des instituts de recherche et des université, des sociétés savantes ou encore des programmes de science participative à destination du grand public.

Toutes ces données sont librement accessibles et contribuent à la production de nouvelles études scientifiques ainsi qu’à l’appui aux politiques publiques.
Voir la liste de provenance des données

Le GBIF France, en association avec l’UMS PatriNat dans laquelle il est intégré, remercie tous les producteurs et éditeurs de données français ayant contribué au GBIF et reste disponible à l'adresse gbif@gbif.fr pour accompagner la mise en ligne ou l'utilisation des données accessibles dans le réseau GBIF !

Jorge Velásquez-Tibatá, écologue colombien de l'organisation The Nature Conservancy, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen de 2019 pour le développement de Wherenext, un système Web au code source ouvert qui recommande des zones cibles pour les inventaires biologiques et la collecte de données.

WhereNext est une application Web interactive qui s'appuie sur les outils, les données et les services existants pour optimiser le processus de comparaison, de sélection et de comblement des lacunes dans les données sur la biodiversité. Une fois que les utilisateurs ont sélectionné un groupe taxonomique et une région d'intérêt, l'application génère des modèles qui recommandent de nouvelles zones d'étude basées sur les différences attendues dans les communautés d'espèces présentes dans différents environnements et habitats.

Gagnants du deuxième prix

Le jury de cette année a sélectionné trois autres équipes en tant que vainqueurs ex-aequo de la deuxième place et chacune recevra un prix de 5 000 €.

• occCite : Outils pour permettre la citation complète de données sur la biodiversité
  • Hannah L. Owens, Centre de macroécologie, évolution et climat, Institut GLOBE, Université de Copenhague, Danemark | Musée d'histoire naturelle de Floride, États-Unis d'Amérique
  • Cory Merow, Université du Connecticut, États Unis d'Amérique
  • Brian S. Maitner, Université de l'Arizona, États Unis d'Amérique
  • Vijay V. Barve & Robert Guralnick, Musée d'histoire naturelle de Floride, États Unis d'Amérique
• Organella
  • Andrea Biedermann, Diana Gert, Dimitar Ruszev & Paul Roeder, Université des sciences appliquées de Potsdam, Allemagne
• Rapid Least Concern : Évaluations automatisées de plantes à moindre risque pour la Liste rouge des espèces menacées de l'UICN (Liste rouge)
  • Steven Bachman, Barnaby Walker & Justin Moat, Royal Botanic Gardens, Kew, Royaume-Uni

Gagnants du troisième prix

Le jury a également désigné cinq autres équipes gagnantes de la troisième place, chacune recevant 1 500 euros. Ces soumissions sont décrites ci-dessous.

• Agile GBIF Publishing
  • Evgeniy Meyke, EarthCape, Finlande
• Biodiversity Information Review and Decision Support: the BIRDS package for R
  • Debora Arlt, Centre suédois d'information sur les espèces, Suède
  • Alejandro Ruete & Anton Hammarström, Greensway AB, Suède
• GB Sifter : Un filtre GBIF vers GenBank Data Sifter
  • Luis Allende, Université du Colorado à Boulder, États-Unis d'Amérique
• naturaList
  • Arthur Vinicius Rodrigues & Gabriel Nakamura, Université fédérale de Rio Grande do Sul, Brésil
• GeoNature-atlas : Publiez un atlas en ligne de la biodiversité avec les données GBIF de votre région
  • Camille Monchicourt, Théo Lechémia, Gil Deluermoz & Jordan Sellies, Parc national des Ecrins, France
  • Amandine Sahl, Parc national des Cevennes, France

Le challenge Ebbe Nielsen est un prix d'encouragement annuel qui rend hommage à la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.

Plus d'informations (en anglais) ici

Jorge Velásquez-Tibatá, écologiste spatial, a mis au point WhereNext, lauréat du premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen de 2019.

L’UMS PatriNat a intégré plus de 1 800 000 données d’occurrences sur les espèces sur les territoires français (métropole et outre-mer), provenant d’institutions étrangères ayant diffusé des données sur la France dans le réseau GBIF.

Ces données, accessibles de façon libre et gratuite sur le site www.gbif.org et provenant de plus de 45 pays et territoires à travers le monde, ont été rassemblées et intégrées dans l’INPN en suivant les protocoles habituels de validation des données, afin de n’intégrer que celles étant conformes au standard et aux règles en vigueur dans le SINP.

Outre l’apport d’informations sur la biodiversité des territoires français (l’INPN a intégré des occurrences concernant plus de 40 000 taxons présents sur les territoires français), ce rapatriement de données a également permis d’enrichir la connaissance sur les taxons en contribuant à la prochaine mise à jour du référentiel taxonomique national TAXREF.

Après avoir examiné une collection variée de 23 propositions, un jury d'experts a sélectionné six gagnants - deux pour la premiere place (remportant le prix de 10 000 euros chacun) et quatre pour la secondes places (remportant un prix de 3 500 euros chacun) - dans le cadre du Challenge GBIF Ebbe Nielsen 2018. Les solutions et les innovations conçues par les lauréats - et, évidemment, par tous les participants - reflètent et abordent des sujets d’intérêt et de préoccupation de grande envergure dans la communauté informatique de la biodiversité. Des sujets tels que les données ouvertes liées, la mobilisation de données, la qualité et l’interopérabilité des données.

Le Jury du Challenge Ebbe Nielsen 2018 fut constitué de :

• Greg Riccardi, iDigBio
• Jo Judge, Réseau national britannique sur la biodiversité
• Marie Elise Lecoq, GBIF France
• Eduardo Dalcin, Institut de recherche sur le jardin botanique de Rio de Janeiro
• Dag Endresen, GBIF Norvège
• Ana C.M. Malhado, Université fédérale d'Alagoas
• Anabela Plos, GBIF Argentine | Muséem argentin des sciences naturelles
• Anders G. Finstad, Université norvégienne des sciences et technologies
• Philippe Grandcolas, Muséum national d’histoire naturelle

Le Challenge est un prix d'encouragement annuel qui honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique & de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.

Le fait que l'édition 2018 du Challenge soit plus ouverte que les années précédente a réussi à susciter un engagement géographique plus large, les 23 participation du Challenge ayant recruté des participants de deux douzaines de pays. Les six équipes gagnantes représentent huit pays, dont deux - le Sri Lanka et la Lituanie - qui ne sont pas encore membres officiels du GBIF. La liste complète des gagnants, par ordre alphabétique, est la suivante :

Plus d’information (en anglais) ici