Comme les années précédentes, l'édition 2022 du défi Ebbe Nielsen a été lancée dans le but de valoriser les initiatives innovantes qui exploitent les données et les outils de biodiversité du réseau GBIF pour faire progresser la science ouverte.

Un jury d'experts évaluera les candidatures en fonction de leur ouverture, leur répétabilité, leur pertinence et leur nouveauté, et sélectionnera un groupe de gagnants pour un prix allant jusqu'à un total de 20 000 €.

Entre le 16 décembre 2021 et le 14 août 2022, les candidatures individuelles ou en équipes peuvent mettre en place des outils et des techniques qui améliorent l'accès, l'utilité et la qualité des données ouvertes sur la biodiversité, et les soumettre à ce concours annuel ouvert à tous.

Les candidatures au défi peuvent prendre plusieurs formes, les participants pouvant choisir de développer de nouvelles applications, visualisations, méthodes, flux de travail ou analyses, en utilisant souvent (mais pas obligatoirement) l'API GBIF pour accéder aux données.

Les candidatures peuvent également s'appuyer sur ou étendre les capacités des outils et fonctionnalités existants disponibles sur le réseau GBIF.

Nous encourageons les participants à examiner les propositions gagnantes précédentes pour visualiser des idées, des problèmes ou des approches que vous pourriez souhaiter poursuivre.

Les propositions doivent bénéficier à plusieurs groupes de parties prenantes, incluant les utilisateurs de données, les détenteurs de données ou les gestionnaires de données.

Les participants peuvent également consulter la stratégie de communication du GBIF afin de mieux identifier le public visé par le GBIF.

Les gagnants seront annoncés en octobre 2022 lors de la 29e réunion du conseil d'administration du GBIF à Bruxelles.

Le Challenge honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, décédé subitement juste avant sa création.

• Règlement officiel du défi Ebbe-Nielsen
• Formulaire de participation

Date limite de soumission :

• 14 août 2022, 23h59 Central European Summer Time (UTC+2)

Plus d'informations sur cette page (en anglais).

Illustration de sphinx à tête de mort (Acherontia atropos), d'après Illustrations of Linnaean genres of insects (1821) via Biodiversity Heritage Library , aucun droit réservé sous CC0.

Bio-Dem, une application web open source pour explorer les relations temporelles et spatiales entre la disponibilité des données sur la biodiversité et les dimensions de la démocratie, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen 2021.

L'équipe internationale, dirigée par Alexander Zizka du Centre allemand de recherche intégrative sur la biodiversité Halle-Jena-Leipzig (iDiv), est bien implantée en Suède. M. Zizka a commencé à travailler sur Bio-Dem lors d'un contrat post-doctoral à l'Université de Göteborg, qui accueille actuellement trois membres de l'équipe Bio-Dem, avec Johannes Klein lié au Gothenburg Global Biodiversity Center (GGBC), Oskar Rydén, doctorant au Département de Sciences politiques et Staffan Lindberg, fondateur du Varieties of Democracy Institute. Daniel Edler est quant à lui lié à l'Université d'Umeå, tandis qu'Alexandre Antonelli, aujourd'hui directeur des sciences aux Jardins botaniques royaux de Kew, a conservé ses liens avec GGBC en tant que fondateur et ancien directeur.

Deux candidatures se sont partagé le deuxième prix du défi 2021 :

• Localisation des KBA, un flux de travail automatisé basé sur R développé par l'écologiste colombienne et analyste de données géospatiales Daniela Linero Triana qui exploite les données du GBIF pour identifier les zones clés potentielles pour la biodiversité dans les territoires définis par l'utilisateur, en recherchant des sites où des espèces menacées, migratrices et à aire de répartition restreinte sont identifiées en nombre important.
• plantR, une application et un flux de travail basés sur R développés par une équipe dirigée par l'écologiste brésilien Renato A. Ferreira de Lima en tant qu'environnement open source unique dans lequel les gestionnaires de données, les taxonomistes et les utilisateurs de données peuvent organiser et combiner des enregistrements de spécimens dans plusieurs collections.
•  

Plus di'nformations sur ces projets sur le site du GBIF (en anglais).

Le GBIF Ebbe Nielsen Challenge 2017 décernera des prix pour un total de 14 000€  aux développeurs et scientifiques créant des outils pour améliorer l'accessibilité et l'interopérabilité des données de biodiversité disponibles dans les entrepôts de données libres, permettant ainsi de plus vastes explorations scientifiques et réutilisations de celles-ci.

Le Challenge repose sur l'adoption croissante de stratégies open data par les journaux scientifiques et les organismes de financement de la recherche. Afin de respecter ces règles, les chercheurs doivent mettre en libre accès les données à l'origine de leurs travaux, la plupart du temps en déposant leurs jeux de données dans des entrepôts de données en accès libre comme Dryad et Figshare.

Le Ebbe Nielsen Challenge 2017 demande aux participants de développer des applications web, scripts ou autres outils pour automatiser la découverte et l'extraction des données de biodiversité pertinentes dans les entrepôts de données en libre accès. Ces outils doivent permettre de générer des jeux de données prêts pour la publication sur le GBIF.org grâce à l'une des méthodes suivantes :

• Recherche automatique de données ouvertes disponibles dans les entrepôts de données publics
• Extraction efficace des informations nécessaires pour générer des checklists, des jeux de données d'occurrences d'espèces ou d'échantillonnage (par exemple nom scientifique, date, localisation de l'occurrence, etc.) à partir des jeux de données dans ces entrepôts
• Correspondance (mapping)des en-têtes de colonnes et/ou de leur contenu avec les termes du standard Darwin Core
• Conversion automatisée des données formatées en Archives Darwin Core prêtes pour la publication sur le GBIF.org

Beaucoup de jeux de données accessibles dans des entrepôts de données ont une structure tabulaire et contiennent les informations de base nécessaires à la génération de données d'occurrences d'espèces : noms scientifiques, dates, localisations géographiques, quantités, ainsi que d'autres éléments intéressants pouvant être standardisés. Si les jeux de données possèdent une licence CC0, CC BY ou CC BY-NC (utilisées dans le réseau GBIF), ils sont adaptés à être réutilisés, republiés et partagés (avec citation adéquate) avec un public très large de chercheurs du monde entier.

Les soumissions pour le Challenge doivent concevoir des processus pour préparer ces jeux de données au format Darwin Core Archive (DwC-A), qui permet actuellement la publication de quasiment 800 millions enregistrements d'occurrences d'espèces dans le réseau GBIF, qui comprend plus de 1000 institutions éditrices de données.

Le jury provisoire pour l'édition 2017 du Challenge inclut :

• Rod Page, University of Glasgow & chair, GBIF Science Committee
• Alexandre Antonelli, University of Gothenburg
• Brenda Daly, SANBI: South African National Biodiversity Institute
• Rob Guralnick, University of Florida
• Ana Cláudia Mendes Malhado, Federal University of Alagoas
• Anabela Plos, GBIF Argentina | Museo Argentino de Ciencias Naturales
• Amy Zanne, George Washington University

La période de soumission va du 15 juin au 05 septembre 2017. Les participants doivent enregistrer chaque membre de l'équipe sur DevPost, qui héberge tous les documents et règles liés au Challenge. Allez sur le site https://gbif2017.devpost.com pour plus de détails sur les conditions de participation.

Après évaluation des 16 contributions reçues dans le cadre du Challenge Ebbe-Nielsen 2016 lancé par le GBIF, les résultats ont été dévoilés lors du public symposium pendant la réunion annuelle du GBIF qui s’est déroulé à Brasilia au Brésil.

Le 1er prix a été attribué à Alejandro Ruete, un biologiste spécialisé dans la conservation des populations écologique en Argentine  pour sa soumission du projet Exploring ignorance in space and time : approche qui consiste  à mesurer et comparer l'écart spatial et temporel dans les données de la biodiversité. Il est actuellement en  post-doc à l’université Suédoise des sciences Agriculturales à Uppsala.

Deux contributions se partagent la seconde place :
 - Sampbias, développé par Alexander Zizka, Alexandre Antonelli et Daniele Silvestro ; trois chercheurs basés à l’université de Gothenburg, Suède.
 - GBIF Coverage Assessment Tools, crée par Walter Jetz, Jeremy Malczyk, Carsten Meyer, Michelle Duong, Ajay Ranipeta et Luis J. Villanueva ; une équipe internationale qui travaille depuis les Etats-Unis, l'Afrique du Sud et l'Allemagne
 
Trois autres projets ont eu une mention honorable :

 - crowdgap par Jesus Orozco,

 - Towards global-scale species distribution models par Aafke Schipper, Jasmijn Rost, Daniela Remenska et Valerio Barbarossa,
 - BioGeoBias par Laurens Geffert,

Plus d'informations sur cette page (en anglais).

Image de la soumission "Ignorance of GBIF data on European Amphibians summarized per ecoregion" : méthode développé par des scientifique de donnée basé en Suède cherchant à calculer “Where and when is data enough?”