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Lundi 23 Décembre 2024

Mai 2021

Un ensemble de données contenant près de 1,3 milliard d'enregistrements d'occurrences d'espèces du réseau GBIF est désormais disponible à l'utilisation via le catalogue de données du Planetary Computer de Microsoft. Actuellement composé d'enregistrements sous licence ouverte et géoréférencés, partagés par le GBIF jusqu'à la mi-avril, cet aperçu fournit aux utilisateurs de l'environnement du cloud numérique Microsoft Azure un accès facile aux données primaires de biodiversité dans des formats cohérents et prêts à l'analyse.

Développé par Microsoft AI for Earth, le Planetary Computer combine des pétaoctets de données de surveillance environnementale à l'échelle mondiale et les rend facilement accessibles aux utilisateurs du système de calcul virtuel à grande échelle. Documentation, exemple de cahier et un billet de l'analyste de données du GBIF John Waller sur le Blog GBIF Data décrit comment les utilisateurs peuvent commencer à accéder aux données diffusées par le GBIF à partir du stockage en blob sur Azure, que ce soit à l'intérieur ou à l'extérieur du Planetary Computer.

 

L'entrée dans le catalogue du Planetary Computer est opportune, étant donné son potentiel pour soutenir les demandes de subvention des premiers utilisateurs pour un montant allant jusqu'à 60 000 dollars américains à la fois en financement et en crédits de calcul ainsi que d'autres ressources par le biais du programme du Planetary Computer de GEO-Microsoft. La date limite pour soumettre des propositions de recherche de 12 mois appliquant le Planetary Computer aux grands défis environnementaux décrits dans l'actuel programme de travail du Group on Earth Observations (GEO) est le 15 juin 2021.

« L'accès systématique à une collection complète et actualisée d'occurrences d'espèces par le biais de l'ordinateur planétaire améliorera considérablement la contribution que le réseau GBIF peut apporter à l'élaboration d'indicateurs pour le Cadre mondial pour la biodiversité post-2020 de la Convention des Nations unies sur la diversité biologique, » a déclaré Simon Ferrier, chercheur en chef au CSIRO, l'agence scientifique nationale australienne.

Ferrier, le codirecteur du projet, Andrew Hoskins, et leurs collègues développent une solution qui applique des outils d'apprentissage automatique de pointe sur la plateforme Azure pour extraire le signal du changement de la biodiversité à partir de masses de données d'observation moins structurées. Cela n'est possible que grâce à la colocalisation des données du GBIF et des données de télédétection sur l'occupation des sols et le changement climatique, ainsi qu'à la capacité de calcul à haute performance qu'offre la plateforme de calcul du cloud Azure », a déclaré M. Hoskins. « Cette approche ouvre de toutes nouvelles possibilités de surveillance des changements dans la biodiversité de notre planète »

 

Le secrétariat du GBIF a pour objectif de mettre à jour les échantillons tous les mois, afin de suivre le rythme des données dynamiques et en constante évolution, disponibles via GBIF.org et l'API GBIF. Leséchantillons continueront à inclure tous les enregistrements partagés par le GBIF sous les désignations CC0 et CC BY dont les coordonnées ont passé les contrôles de qualité automatisés.

Ce premier échantillon contient des enregistrements sur 939 601 espèces provenant de 22 517 ensembles de données et de 1 029 institutions d'édition de données. Comme tous les ensembles de données partagés par le GBIF, a été attribué un DOI, ou identifiant d'objet numérique, qui maintient un enregistrement persistant et transparent de ses sources. Étant donné le succès du Secrétariat dans le développement de l'un des principaux systèmes mondiaux de citation et d'attribution des données, la préservation de la provenance est restée une priorité tout en introduisant les données dans de nouvelles communautés de recherche et de calcul.

À cette fin, les développeurs du GBIF ont créé un nouveau service qui produit des enregistrements citables de "jeux de données dérivés" et permet aux utilisateurs du cloud numérique de suivre les directives de citation et les meilleures pratiques. Le coordinateur des communications scientifiques Daniel Noesgaard a décrit l'outil dans le blogue sur les données du GBIF. Cet outil est disponible à la fois via l'API du GBIF et l'interface GBIF.org et permet aux utilisateurs de tenir compte du fait qu'ils peuvent effectuer des analyses sur une partie considérablement filtrée des données disponibles dans un échantillon donné. Le fait de citer le DOI attribué à l'ensemble de données dérivées qui en résulte améliorera la précision et le suivi des citations tout en garantissant la transparence et la reproductibilité des analyses.

 

D'autres sont prévus pour un échantillon similaire déjà placé dans le Registre des données ouvertes sur Amazon Web Services et un autre en cours de préparation pour être inclus dans les ensembles de données publiques disponibles via Google BigQuery. Pris ensemble, ces développements signalent la première étape vers l'activation des systèmes d'informatique dans un cloud pour « aider à encourager la recherche novatrice, réduire les obstacles techniques de l'analyse des données à grande échelle et accroître la visibilité » du réseau GBIF, comme le chef de l'informatique du GBIF Tim Robertson suggère en février 2021.

 

Chiffres en avril 2021

 

Règne Nombre d'espèces Nombre d'enregistrements
Animalia 531 074 1 064 194 305
Plantae 315 369 193 391 585
Fungi 64 291 12 210 273
Chromista 18 113 9 440 667
Bacteria 8 364 13 313, 089
Protozoa 1 635 793 176
Virus 383 42 019
Archaea 216 226 905
incertae sedis 164 4 223 619
TOTAL 939 601 1 297 835 638

 

 

Chauve-souris à queue libre du Brésil (Tadarida brasiliensis), États-Unis Photo 2021 Caitlin Campbell via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-SA 4.0

 

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Le secrétariat du GBIF recherche un(e) chargé(e) de communication pour rejoindre son équipe et développer les capacités du groupe Participation et engagement, dont le travail se concentre sur le réseau et les parties prenantes du GBIF.

Le titulaire du poste se concentrera sur la poursuite du développement, de la mise en œuvre et du perfectionnement du cadre axé sur l'utilisateur fourni par la stratégie de communication duGBIF. Il contribuera également à la conception d'activités et d'initiatives visant à soutenir le plan stratégique à venir, à répondre aux recommandations du Twenty-year Review of GBIF et à faire progresser la compréhension de la proposition de valeur unique du GBIF.

Les principales tâches consistent à préparer des documents écrits et visuels pour soutenir les activités de sensibilisation et de programme du Secrétariat, ainsi qu'à rédiger et réviser le contenu du site GBIF.org. Le titulaire du poste doit posséder d'excellentes compétences en matière de rédaction et d'édition, un sens aigu du détail et une capacité avérée à rendre des informations techniques accessibles et convaincantes. Une expérience de la coordination d'événements virtuels et des relations avec les médias sera précieuse.

Le poste est un poste à temps plein situé à Copenhague pour une période de deux (2) ans avec possibilité de prolongation.

 

Compétences et expériences souhaitées

  • Cinq (5) ans d'expérience dans un poste de communication similaire ; une expérience de travail dans une organisation scientifique, technologique ou environnementale similaire est un atout
  • Diplôme universitaire de premier cycle dans un domaine pertinent pour les communications ou le travail du GBIF, ou expérience équivalente
  • Compétences professionnelles totales en anglais ; la maîtrise d'une deuxième langue des Nations unies est hautement souhaitable
  • Expérience dans la mise en œuvre de stratégies et de plans de communication axés sur l'audience
  • Compétence avérée en conception graphique et/ou production de ressources audiovisuelles et multimédia, y compris une expérience de la suite Adobe Creative Cloud
  • Expérience des médias sociaux et des plateformes de partage de photos et de vidéos, ainsi que des outils et des bonnes pratiques en la matière
  • Expérience des systèmes de gestion de contenu, des langages de balisage (par exemple, Markdown, AsciiDoc), des applications de distribution de courrier électronique et des analyses web utile
  • Capacité à passer des contrats et à travailler efficacement avec des fournisseurs externes
  • Capacité à établir des priorités et à équilibrer des missions parallèles tout en fournissant des résultats fiables et cohérents

 

Le GBIF offre :

  • Une ambiance d'équipe positive et un cadre de travail animé dans une petite mais dynamique capitale mondiale
  • La possibilité d'un travail pratique au sein d'une petite équipe très efficace qui coordonne un réseau mondial actif
  • La possibilité de collaborer avec des scientifiques de données, des informaticiens et des développeurs hautement qualifiés au sein du Secrétariat et ailleurs
  • Des perspectives variées et uniques de développement personnel et professionnel
  • Une enveloppe de rémunération compétitive

 

Il s'agit d'une occasion passionnante pour la personne, idéalement de développer ou de renforcer son expérience internationale en matière de soutien à la recherche et aux politiques fondées sur des données probantes, au bénéfice de la science et de la société. Si votre motivation, vos intérêts et votre expérience correspondent à ces exigences, nous sommes impatients de vous entendre.

 

Rémunération

Les salaires de GBIF sont compétitifs et exonérés de l'impôt sur le revenu danois.

Le candidat sélectionné devra résider au Danemark, et un forfait de relocalisation est disponible pour le personnel recruté à l'international.

 

Procédure et date limite de candidature

Les candidatures à ce poste doivent être rédigées en anglais et inclure une lettre traitant de votre expérience et de vos qualifications pour
Envoyez votre candidature par courrier électronique à comms-job-2021@gbif.org avant le 21 juin 2021.

Veuillez indiquer dans votre candidature où vous avez vu cette annonce. Les demandes de renseignements concernant le poste peuvent être adressées au responsable de la communication Kyle Copas ou au responsable des RH Susanne Sheldon.

Les entretiens pour le poste devraient avoir lieu à partir de juillet 2021. Notre objectif est que le candidat retenu prenne ses fonctions en septembre 2021 ou peu après, et nous demandons aux candidats d'indiquer leur disponibilité dans la lettre de candidature.

 

Le GBIF - le Fonds mondial d'information sur la biodiversité - est un réseau international et une infrastructure de données financés par les gouvernements du monde entier et visant à fournir à quiconque, en tout lieu, un accès ouvert aux données sur tous les types de vie sur Terre.

Le GBIF est un employeur soucieux de l'égalité des chances et accepte les candidatures sans distinction de sexe, de couleur, d'origine raciale, sociale ou ethnique, de caractéristiques génétiques, de langue, de religion ou de croyance, d'opinion politique ou de toute autre opinion, d'appartenance à une minorité nationale, de propriété, de naissance, de handicap, d'âge ou d'orientation sexuelle, d'état civil ou de situation familiale, ou de tout autre statut. Le personnel est recruté sur la base géographique la plus large possible.

 

 

Gorilles de montagne (Gorilla beringei), Rwanda Photo 2015 Laura Keene via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-SA 4.0

 

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Le secrétariat du GBIF a annoncé la sélection d'un ensemble de 18 projets qui recevront un financement dans le cadre de son programme Information sur la biodiversité pour le développement. Menés par des institutions représentant 13 pays, les projets de deux ans mobiliseront des données sur la biodiversité pertinentes pour les politiques dans un éventail de sujets, notamment la santé humaine, l'agriculture et la sécurité alimentaire, les zones protégées, les espèces menacées et la numérisation des collections.

 

Le financement alloué aux projets s'élève à 959 693 €, 13 projets recevant 548 693 € de la part de l'Union européenne, qui était auparavant le seul financeur du BID. Un autre financement de 411 000 € fourni par la JRS Biodiversity Foundation sera alloué pour soutenir un cinq projets supplémentaires.

 

« L'amélioration des liens entre la science et la politique est essentielle pour accroître l'efficacité de nos efforts de conservation de la biodiversité », a déclaré Florence Van Houtte, responsable de la coopération internationale pour la biodiversité à la Direction générale des partenariats internationaux de la Commission européenne. "Nous sommes encouragés de voir tant de pays et d'institutions africains renforcer leurs capacités dans ce domaine ainsi que les contributions actives que le programme du BID apporte à cette communauté dynamique. »

 

Ensemble, les projets mobiliseront près de 1,1 million d'euros en fonds de contrepartie, tandis que l'ajout de nouveaux bénéficiaires de Namibie et des Seychelles porte à 30 le nombre total de pays d'Afrique subsaharienne représentés au BID.

Cette série de subventions soutient la mobilisation des données sur la biodiversité aux niveaux régional (3), national (6) et institutionnel (4) et constitue un nouveau type de subvention pour le programme. Cinq subventions pour l'utilisation des données s'appuieront sur les relations existantes entre les institutions détentrices de données et les décideurs pour fournir des solutions de données répondant à des besoins politiques spécifiques. Collectivement, ces projets feront avancer les objectifs du programme BID en augmentant la disponibilité et l'utilisation des informations sur la biodiversité dans la recherche et la politique pour l'Afrique sub-saharienne, les Caraïbes et le Pacifique.

 

«La JRS Biodiversity Foundation est fière de soutenir le financement de cinq projets exceptionnels du BID qui font progresser l'informatique libre en Afrique sub-saharienne », a déclaré le directeur exécutif de JRS Matthew Cassetta. « La complémentarité de nos objectifs avec ceux du GBIF et de l'Union européenne représente une remarquable convergence de buts pour étendre considérablement les plateformes de connaissances scientifiques en Afrique. Nous sommes certains que l'investissement de la JRS et de nos partenaires dans le renforcement des capacités critiques et l'information sur la biodiversité sera utile aux chercheurs et aux décideurs africains dans leurs actions de sauvegarde de l'inestimable richesse naturelle du continent. »

 

« Nous sommes ravis d'accueillir la JRS Biodiversity Foundation en tant que partenaire du BID », a déclaré Joe Miller, secrétaire exécutif du GBIF. "Leur longue histoire de soutien à l'informatique de la biodiversité en Afrique, combinée à un financement supplémentaire de l'Union européenne, nous a permis d'étendre le programme et de financer davantage de propositions dans cette série de subventions - quelque chose que nous espérons que d'autres partenariats viendront renforcer dans les années à venir. »

 

Un panel d'experts a sélectionné ces projets au cours d'un processus en deux étapes, qui a d'abord permis de recueillir 215 notes conceptuelles provenant de 39 des 48 pays éligibles d'Afrique subsaharienne. Les choix finaux ont été faits à partir d'une liste de 34 candidats de 20 pays invités à soumettre des propositions complètes.

Les projets s'appuieront sur le impact de la première phase du BID, qui a mobilisé plus de 1,3 million d'enregistrements répondant aux besoins politiques prioritaires des régions et établi des communautés de pratique à travers l'Afrique subsaharienne, les Caraïbes et le Pacifique grâce à un programme de formation rigoureux et reproductible.

Le coup d'envoi des projets sera donné cette semaine par un atelier régional sur la publication des données, et un atelier de formation régional sur invitation seulement pour les coordinateurs de projets d'utilisation des données suivra le 27 mai 2021. Le secrétariat du GBIF prévoit d'annoncer la sélection de séries de projets supplémentaires dans les Caraïbes et le Pacifique plus tard cet été.

 

Projets du BID financés par l'Union européenne

 

Nom du projet Organisation principale Pays
Utilisation des données pour éclairer les décisions sur la conservation de la biodiversité et la santé publique au Bénin University of Abomey-Calavi, Faculty of Agricultural Sciences Bénin
Renforcer la capacité des organisations de la société civile à créer et à contribuer à une base de données unifiée sur les tortues marines au Cameroun Réseau des Acteurs de la Sauvegarde des Tortues Marines en Afrique Centrale Cameroun
Mobilisation et renforcement des données sur la biodiversité pour la conservation en vue de soutenir le développement durable en Côte d'Ivoire Centre National de Floristique Côte d'Ivoire
Numérisation des collections de biodiversité du Gabon et des fiches d'occurrence numériques pour créer une base de données nationale sur la biodiversité National School of Water and Forests Gabon
Développement des capacités pour la mobilisation et l'utilisation des données sur les espèces d'oiseaux menacées au Kenya Strathmore University Kenya
Mobiliser les collections de faune et de flore namibiennes et améliorer l'engagement national en matière de données ouvertes National Museum of Namibia Namibie
Mise en œuvre du système d'information et de données sur la biodiversité des écosystèmes côtiers au Nigeria Center for Biodiversity Conservation and Ecosystem Management, University of Lagos Nigeria
Accroître la visibilité de l'herbier de Lagos par la numérisation et la mobilisation des données relatives aux spécimens de plantes Department of Botany, University of Lagos Nigeria
Intégration de données récentes sur la répartition des espèces et des écosystèmes dans les évaluations des zones clés pour la biodiversité des Seychelles. Plant Conservation Action Group Seychelles
Améliorer l'accessibilité des données sur la flore forestière en Tanzanie Tanzania Forestry Research Institute Tanzanie
Progrès vers une plateforme régionale de données des Herbiers d'Afrique de l'Ouest et du Centre GBIF Togo & University of Lome Togo
Améliorer l'accès, l'utilité et la pertinence des données et des informations sur la biodiversité des eaux douces pour la prise de décision en matière de conservation en Ouganda. National Fisheries Resources Research Institute Ouganda
Données sur la biodiversité à l'appui de l'action en faveur du climat, de la vie sur terre et de l'alimentation humaine et animale durable : Reptiles et arachnides trouvés dans les zones protégées et faune d'insectes comestibles au Zimbabwe Natural History Museum of Zimbabwe Zimbabwe

 

Projets dU BID financés par la JRS Biodiversity Foundation

 

Nom du projet Organisation principale Pays
Mobilisation et utilisation des données botaniques comme outils d'aide à la décision au Gabon Institut de Pharmacopée et de Médecine Traditionnelle Gabon
Intégrer les données sur les écosystèmes et la biodiversité pour faciliter la planification du développement national Conservation Alliance International Ghana
Améliorer le profil des données pour la conservation de quatre paysages forestiers africains A Rocha Kenya Kenya
Projet d'atlas des oiseaux africains : Cartographie de la répartition des oiseaux d'Afrique A. P. Leventis Ornithological Research Institute Nigeria
Intégration des données sur la biodiversité des invertébrés d'eau douce dans les décisions gouvernementales The Nelson Mandela African Institution of Science and Technology Tanzanie

Ce programme est financé par l'Union européenne.

Ce programme est financé par la JRS Biodiversity Foundation.

 

Arbre du berger (Boscia albitrunca), Namibie Photo 2021 Nick Helme via iNaturalist Research-grade Observations, sous licence CC BY-SA 4.0

 

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Le défi Ebbe Nielsen

Publié le : 18/05/2021

Le défi GBIF Ebbe Nielsen est un prix d'encouragement annuel qui vise à inspirer des applications innovantes de données sur la biodiversité en libre accès par des scientifiques, des informaticiens, des modélisateurs de données, des cartographes et d'autres experts.

 

L'appel à candidatures pour le défi Ebbe Nielsen 2021 du GBIF est maintenant ouvert - la date limite pour les soumissions est fixée au 2 août 2021!

 

Comme le prix Ebbe Nielsen qu'il a remplacé, le défi honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspiré dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF, qui est décédé tragiquement juste avant sa création.

Bien que l'objectif du concours ait évolué d'année en année, les candidatures au défi présentent une variété de formes et d'approches - nouvelles recherches analytiques, visualisations plus riches et pertinentes pour les politiques, applications web et mobiles, ou améliorations des processus de numérisation, de qualité et d'accès aux données.

 

Gagnants du défi Ebbe Nielsen

2020

 

Prix Projet Bénéficiaire(s) Pays
1er ShinyBIOMOD
Une application R pour la modélisation de la distribution des espèces		 Ian Ondo
Alexandre Antonelli

Wilfried Thuiller
Maya Gueguen
Samuel Pironon

 Royaume-Uni
Royaume-Uni / Suède
France
France
Royaume-Uni
2e Relier la nomenclature aux spécimens types Maarten Trekels Belgique
2e InteractIAS
Un carnet de notes Jupyter pour soutenir l'évaluation experte des risques liés aux espèces envahissantes		 Quentin Groom Afrique du Sud
3e Navigateur de codes-barres ADN Roderic Page Royaume-Uni
3e Voyager Ivvet Abdullah-Modinou
Ben Scott		 Royaume-Uni

Royaume-Uni
3e Outil de géoréférencement de masse Luis J. Villanueva États-Unis

 

 

Orchidée Calypso (Calypso bulbosa) Photo J. Brew / Flickr, sous licence CC BY-SA 2.0

 

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