Une alliance mondiale pour transformer notre compréhension de la biodiversité en reliant tous les efforts d'observation, de mesure et de modélisation de la planète vivante : telle est la vision partagée par des experts de toutes les régions du monde qui se sont réunis à Copenhague du 24 au 27 juillet pour discuter des prochaines étapes pour porter la connaissance de la biodiversité à l'ère de l'information.

La 2ème Conférence mondiale sur l'informatique de la biodiversité (GBIC2) a réuni des représentants des principaux réseaux, agences, organisations et institutions mondiaux, régionaux, nationaux et infranationaux. S'appuyant sur le framework Global Biodiversity Informatics Outlook élaboré lors du premier événement GBIC en 2012, les participants ont exploré les possibilités de mieux aligner les efforts et les intérêts de toutes les communautés et infrastructures de recherche sur la biodiversité.

La conférence a examiné des modèles possibles pour une telle alliance dans d'autres domaines de recherche, tels que :

- ELIXIR, une organisation intergouvernementale visant à connecter les ressources européennes en sciences de la vie

- la Apache Software Foundation, une vaste communauté de développeurs et d'utilisateurs de logiciels libres

Ils ont activement étudié la possibilité d’un mécanisme de coordination capable d’aligner et d’accélérer les efforts visant à comprendre la bio-diversité mondiale. Le résultat a été un consensus sur la création d'une alliance internationale 'légère', ouverte à toutes les institutions et à tous les individus intéressés par l'amélioration de la disponibilité et de la qualité des connaissances sur la biodiversité.

Les participants ont confié au GBIF la tâche de faciliter les prochaines étapes de ce processus et ont identifié plusieurs étapes suivantes:

  1 Faire connaître et promouvoir la vision de cette alliance dans les principales langues auprès du plus grand nombre possible de communautés de parties prenantes. Des forums pertinents permettant à la communauté de poursuivre ses discussions et sa planification devraient être un soutien pour cette tâche.

  2 Commencez un processus pour collecter un ensemble de questions et de cas d'utilisation que nous espérons pouvoir traiter grâce à l'alliance. Collecter également les capacités combinées dont nous avons besoin pour les livrer au cours des cinq à dix prochaines années

  3 Planifier et développer une vue d'ensemble de haut niveau des principales initiatives dans le domaine de l'informatique en matière de biodiversité et des relations entre leurs missions actuelles et leurs programmes de travail

  4 Effectuer une exploration détaillée de la façon d'appliquer des modèles tirés d'Apache Software Foundation et de logiciels open source similaires. Une exploration des initiatives scientifiques ouvertes pour soutenir une planification et une mise en œuvre multipartites ouvertes et équitables sera également nécessaire.

  5 Identifier un ensemble de domaines de collaboration initiaux. Ils devront servir de preuve de concept sur la manière dont un modèle d'incubateur à l'échelle internationale, axé sur la communauté, peut relever des défis communs. Ces défis sont pour développer ou maintenir des composants interopérables des infrastructures de connaissances sur la biodiversité.

«C’est un énorme privilège et très excitant de travailler avec un ensemble si diversifié de parties prenantes et, ensemble, de construire une vision commune pour résoudre un grand nombre de nos défis», a déclaré Donald Hobern, Secrétaire exécutif du GBIF. "Les participants à la GBIFC2 ne représente qu'un petit échantillon de la communauté élargie qui partage notre ambition commune : celle de fournir des connaissances véritablement interconnectées sur la biodiversité afin de répondre aux besoins des chercheurs, des gouvernements, de l'industrie, de la société et des communautés partout dans le monde. Nous esperons construire ensemble une alliance globale qui élargit encore plus loin notre perspective.

Pour plus d’information, consulter la page originelle (en anglais) ici

Les participants au GBIC2 ont exploré des modèles pour un mécanisme de coordination pouvant aligner et accélérer les efforts de compréhension de la biodiversité mondiale. Photo par Eun-Shik Kim.

Chacun des jeux de données d'événements d'échantillonnage publiés sur GBIF.org comprend maintenant une liste complète des enquêtes individuelles ou des événements d'échantillonnage qu'il contient.
Une table affichant ces «événements» individuels apparaît sous la carte de jeu de données.
Celle-ci fournit des liens directs vers les aperçus des événements et vers les jeux d'enregistrements d'occurrence qui leur sont connectés. Cet ajout est le premier d'une série d'améliorations par étapes des processus d'indexation des données du GBIF. Cette série permettra d'améliorer l'intégration et l'affichage des données de surveillance écologique sur GBIF.org.

Le format d'échantillonnage permet aux écologistes de partager leurs données tout en représentant adéquatement des détails tels que l'effort d'échantillonnage, la présence ou l'absence d'espèces et les attributs de l'abondance. Les chercheurs qui téléchargent ces données peuvent les utiliser pour produire des analyses complexes sur les processus et les changements écologiques à grande échelle. Ensemble, la liste des événements et les prochaines améliorations à venir faciliteront l'exploration, la visualisation et l'utilisation de séries de données chronologiques, d'atlas et d'enquêtes normalisées de qualité supérieure en tant que groupes d'événements d'échantillonnage comparables.

Les jeux de données sur les échantillons d'échantillonnage proviennent de milliers de différents études environnementales, écologiques et de ressources naturelles. Les «événements» eux-mêmes peuvent inclure des enquêtes de terrain occasionnelles aux efforts systématiques de surveillance et d'évaluation à long terme.
Ces efforts peuvent concernés (entre autres) : des échantillonnage d'eau douce et d'eau marine, des couverture de plantes et de parcelles végétales, des comptages d'oiseaux et de papillons via les science citoyenne.

Exemples de jeux de données d'événements d'échantillonnage :

• Demersal and pelagic species of fish and squid from the Patagonian shelf, publiées par ArObis, le nœud argentin de OBIS (Ocean Biogeographic Information System)
• PINK - Dragonfly (Odonata) monitoring for the permanent surveillance of coastal areas in Flanders, Belgium, publiée par l'Institut belge de recherche sur la nature et la forêt (Belgian Research Institute for Nature and Forest - INBO)
• Freshwater samples in MZNA-INV-FRW: Macroinvertebrate samples from the water quality monitoring network along the Ebro Basin, publiés par le Département de biologie environnementale, Université de Navarre
• Environmental monitoring of ants (Hymenoptera: Formicidae) in the influence areas of Santo Antônio Hydroelectric Power-Plant in Rondônia, Brazil, publié par SiBBr: Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira

Les données d'échantillonnage d'événements supportent des analyses statistiques plus complexes que ce qui peut être réalisé en utilisant des preuves de type ‘presence-only’ (voir ci-dessous). Des comptages ou des mesures répétés provenant d'enquêtes bien planifiées, et même l'absence d'une espèce particulière d'un échantillon donné, permettent aux utilisateurs de données de comparer plus facilement des données provenant d'époques et de lieux différents. En particulier, les données d'échantillonnage peuvent soutenir des estimations de population, d'abondance et, en particulier, de dynamique de populations. Cela offre non seulement la possibilité de décrire les modèles de la biodiversité, mais aussi les processus écologiques et les changements globaux.

Pour en savoir plus: Introduction aux données d'événements d'échantillonnage

Le GBIF, ses partenaires dans le projet EU BON et d'autres acteurs ont développé l'extension Event Core au standard Darwin Core. Cela permet le partage de telles données par et avec des chercheurs écologiques mondialement. Depuis que le support des jeux de données d'événements d'échantillonnage a été introduit en 2015, un nombre croissant d'éditeurs de données ont adopté le format pour le partage de leurs données.

Les partenaire clés du réseaux GBIF ont également adopté le standard de données Event Core. Le Système d'information biogéographique sur l'océan, plus connu sous le nom d'OBIS, en fait la promotion conjointement à l'extension des mesures et des faits qu'ils ont développée. Dans le même temps, GEO BON encourage l'utilisation de jeux de données d'événements d'échantillonnage pour mobiliser les données d'enquête de haute qualité. Ces données sont nécessaires pour soutenir les variables de la biodiversité essentielles EBVs.

Importance de l'étape

Chacun des d'enregistrements d'occurrences publiés à travers le réseau GBIF (plus d'un milliard) offre la preuve de la présence d'un organisme spécifique à un moment et à un endroit donnés. La relative facilité de publier des données ‘presence-only’ a permis une collaboration entre les institutions et les individus partageant des données d'une ampleur et d'une valeur sans précédent pour la science et la société. La présentation de ces preuves de façon standardisée, quelle que soit leur origine ou comment et où elles ont été recueillies, a permis aux chercheurs de mieux comprendre la répartition des espèces. Cela a aussi permit une meilleur compréhension des rôles de l'environnement, du climat, de l'utilisation des terres et de nombreux autres facteurs dans des modèles structuré de biodiversité.

De nombreux jeux de données qui contribuent au GBIF proviennent de ce type d'activité. Jusqu'à récemment le GBIF n'offrait pas aux chercheurs les outils pour partager les éléments nécessaires pour représenter les événements d'échantillonnage individuels. Ces éléments essentiel étant des références aux méthodes et protocoles utilisés. Les outils manque également pour documenter les l'abondance de chaque espèce dans ces échantillons ou, le cas échéant, l'absence d'une espèce d'intérêt d'un échantillon.

À l'heure actuelle, les pages d'événements individuels n'incluent pas d'informations sur les espèces qui étaient absentes d'un événement d'échantillonnage donné, et il se peut qu'elles ne montrent pas encore toute la plage de dates de l'événement. Au cours des prochains mois, le GBIF s'attaquera à ces restrictions et indiquera également les dénombrements ou les mesures d'abondance au lieu du nombre de mentions d'occurrence pour chaque espèce. Une fois la série complète d'améliorations mise en place, le GBIF prévoyons de préparer des aperçus et des visualisations supplémentaires pour les événements d'échantillonnage de chaque ensemble de données. De plus, il prévoit de créer également des outils pour explorer les événements de différents jeux de données utilisant les mêmes protocoles d'enquête.

Le GBIF accueille les commentaires des utilisateurs et des éditeurs sur ces changements ainsi que des recommandations sur la meilleure façon d'améliorer l'accès aux données sur les événements d'échantillonnage au sein du site GBIF.org. Il encourage toutes les communautés de recherche concernées à adopter cette approche et à rendre leurs données aussi accessibles que possible pour la communauté scientifique dans son ensemble.

Si vous avez besoin d'aide ou souhaitez en savoir plus sur le partage de données d'événements d'échantillonnage, n'hésitez pas à contacter helpdesk@gbif.org .

Pour plus d'informations, consulter la page originale (en anglais) ici

Liste des événements des jeux de données d'échantillonnage, espèces démersales et pélagiques de poissons et calmars du plateau patagonien