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Mercredi 27 Novembre 2024

Septembre 2017

FinBIF, le noeud national du GBIF en Finlande, a publié une mise à jour majeure comprenant plus de 22 millions d'enregistrements d'occurrence issues de 10 datasets.

Cette actualisation fait de la Finlande le troisième plus grand éditeur de nouvelles occurrences dans l'année civile 2017, derrière le Royaume-Uni et la Suède. Le nombre total de documents publiés par les institutions finlandaises  a également augmenté jusqu'à dépasser les 25 millions. Cette étape place la Finlande parmi les dix premiers pays en ce qui concerne la mobilisation de données. Les 22 millions dépassent le nombre total d'enregistrement finlandais disponibles avant la mise en place de licences standardisées.

Comme c'était le cas pour le Royaume-Uni, l'introduction de licences Creative Commons  a eu un impact majeur sur la quantité de données d'occurrences publiées par les institutions finlandaises. Pour la Finlande, cependant, les enregistrements de 18 millions d'occurrences qui ont été supprimés faute de licence adéquate - soit environ 85% du total de 21 millions de données du pays - provenaient de moins de 10 jeux de données.

Tous ces jeux de données (sauf un) ont été republiés, et rejoints par un nouveau, le plus important de cette mise à jour : la base de données Finnish Bird Ring and Recovery (qui contient près de 11 millions d'enregistrements). Un autre ensemble de données, la base de données entomologique finlandaise (Finnish Entomological Database,), consolide ce qui était auparavant un ensemble de huit plus petit groupes de données, taxonomiquement distinctes et y ajoute plus de 750 000 nouveaux enregistrements.

La mise à jour est arrivée au moment où le FinBIF et Luomus (son institution hôte) ont accueilli la 24ème réunion du Conseil de direction du GBIF.

"Comme cela a déjà été le cas par ailleurs, l'effort de FinBIF consistant à engager ses réseaux nationaux de partenaires de données pour mettre en œuvre les meilleures pratiques en matière de licences a donné de bon résultats", a déclaré Donald Hobern, Directeur exécutif du Secrétariat GBIF. "Nous nous réjouissons de voir les éditeurs de données finlandais adopter de plus en plus souvent une approche qui assure un accès gratuit et ouvert aux données sur la biodiversité".

Plus d'informations ici (en anglais)

 

Arctoparmelia centrifuga, Kuhmoinen, Finlande. Photo de Kari Pihlaviita via des observations de recherche iNaturalist, sous license CC BY-NC 4.0.

La République centrafricaine (RCA) est devenu le 11ème participant votant en Afrique et le 41ème pays à revendiquer ses droits et privilèges en tant que membre du conseil d'administration du GBIF.

 

Le nœud national responsable de la coordination des activités dans le pays, GBIF Centrafrique, est basé au Département Botanique du CERPHAMETA (Center for Studies and Research in Traditional Pharmacology in Africa ; ou bien en français : Centre d'Etudes et de Recherches sur la Pharmacologie et la Médecine Traditionnelle Africaine) à l'Université de Bangui, capitale du pays.

 

Les utilisateurs de GBIF.org peuvent actuellement accéder à plus de 63 000 enregistrements relatifs à plus de 5 500 espèces collectées ou observées en RCA, publiées par des institutions d'autres pays. Les éditeurs de données qui fournissent actuellement la plupart des données relatives à la RCA sont le Muséum national d'Histoire naturelle à Paris, le Missouri Botanical Garden, Naturalis Biodiversity Center des Pays-Bas, et le Musée sud-africain Iziko au Cap.

 

Plus d'informations sur l'entrée de la République centrafricaine dans le GBIF ici (en anglais)

 

 

Huitième pays le plus vaste d'Afrique, la république francophone du Mali se joint au GBIF en tant que participant associé et devient le 16ème pays africain du réseau GBIF. Les activités des nœuds nationaux seront dirigées par le GBIF Mali, situé à la Direction Nationale des Eaux et Forêts (DNEF) au Ministère de l'Environnement, de l'Assainissement et du Développement Durable dans la capitale malienne de Bamako.

Actuellement, les utilisateurs de GBIF.org peuvent accéder à environ 70 000 occurrences d'espèces au Mali publiées par 26 pays. Près de 30 pour cent de ces occurrences proviennent d'un projet de suivi des éperviers des marais occidentaux publiés par l'Institut de recherche belge pour la nature et la forêt (INBO). D'autres fournisseurs de données au Mali incluent le Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) de Colombie responsable d'une base de données familiale mondiale, le Muséum d'Histoire naturelle de Paris et l'organisation allemande Senckenberg qui publie un guide photographique pour les plantes africaines.

La décision de devenir un participant GBIF a été liée à la participation du Mali à un projet régional en cours dans le cadre du programme BID (Biodiversity Information for Development) financé par l'UE, formant une collaboration pour renforcer les capacités et mobiliser des données sur la biodiversité dans huit pays africains francophones.

 

Pour plus d'information sur l'entrée du Mali dans le GBIF, lisez l'article original (en anglais)

 

Éléphants forestiers (Loxodonta cyclotis) dans la réserve de Dzanga Sangha, République centrafricaine. Photo de Peter Prokosch via GRID Arendal, sous licence CC BY-NC-SA 2.0.

Spécimens préservés de Gobiocichla wonderi subsp. kanazawa ciclids de la River Niger à côté de Markala, Mali. Photo de L. Randrihasipara du Museum d'Hitoire Naturelle, Paris. Photo sous licence CC BY 4.0.

Les gagnantes des Young Researchers Awards 2017 décernés par le GBIF ont été dévoilées : il s'agit de Nora Escribano, doctorante à l'Université de Navarre (UNAV : University of Navarra) et de Itanna Oliveira Fernandes, doctorante à l'Institut national de la recherche amazonienne (INPA : Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia).

Nora Escribano présente la plus grande et la plus complète collection d'échantillons d'invertébrés d'eau douce au Musée de Zoologie de l'Université de Navarre.

Itanna Oliveira Fernandes a partagé un dataset sur la surveillance environnementale de fourmis vivant dans des zones influencées par une nouvelle centrale hydroélectrique.

Plus d'informations sur les travaux de Nora Escribano et Itanna Oliveira Fernandes sont disponibles en ligne (en anglais).

 

Nora Escribano et Itanna Oliveira Fernandes ©Photos provenant du site GBIF.org

Bonjour,

Dans le cadre de son activité dans le hotspot de biodiversité des forêts Guinéennes, le CEPF (Critical Ecosystem Partnership Fund ou Fonds de partenariat pour les écosystèmes critiques en français) vient d’ouvrir un appel offrant un financement de projets allant de 50 000 $ à 300 000 $ (cf. plus bas)

 

Les pays éligibles à ces financements sont les suivants :

· Bénin
· Cameroun
· Côte d’Ivoire
· Guinée équatoriale
· Ghana
· Guinée Conakry
· Libéria
· Nigéria
· São Tomé et Príncipe
· Sierra Leone
· Togo

 

La deadline de l'appel est le lundi 30 octobre 2017 à minuit (GMT).

 

Attention à bien consulter les critères d’éligibilité des projets ET des institutions qui ne sont pas communes aux deux programmes :

 - Eligibilités pour le deuxième appel (FR)

 - Eligibility for 2d call (EN)

 

 - Seconde version pour le deuxième appel pour LOI - GFWA (FR)

 - Second Draft of 2nd Call for LOI - GFWA (EN)

 

Plus d'informations (en anglais) sur cette page et sur celle-ci

 

Section de forêt guinéenne le long de la route Kenema Kailahun en Sierra Leone © Lindsay Stark

Suite au lancement du nouveau portail, le GBIF se concentre actuellement sur la mise en œuvre d'une gamme d'approches pour identifier les lacunes ou les domaines d'ignorance au sein des données accessibles via le GBIF, y compris des lacunes dans les couvertures taxonomique, spatiale et temporelle. Ces problèmes ont été soulignés lors du défi Ebbe Nielsen de l'année dernière et dans la littérature scientifique, et notamment dans le nouvel article paru dans Scientific Reports (voir Article utilisant les données du GBIF dans la revue Nature) de Julien Troudet et de ses collègues.

Les priorités de mobilisation du contenu GBIF 2017 listent trois appels principaux à l'action :

    - Aborder les grandes lacunes géospatiales : appeler à la mobilisation urgente de données de biodiversité compatibles avec le GBIF provenant des pays qui ont actuellement une moyenne de moins d'un enregistrement par kilomètre carré

    - Mobiliser les données d'échantillonnage : appeler à une utilisation plus large des données disponibles via le réseau GBIF par les agences et les organisations effectuant des enquêtes de terrain ou qui gèrent ce genre de données à des fins de publication

    - Numériser les collections d'histoire naturelle : appeler à des investissements supplémentaires pour libérer les données de toutes les collections d'histoire naturelle du monde

Le GBIF encourage vivement toutes les parties prenantes concernées à envisager des occasions pour mobiliser des données qui répondent à ces priorités et nous encourageons les organismes de financement à financer des activités qui apporteront de nouvelles données dans ces domaines.

 

Lire l'article sur le site du GBIF (en anglais) : Prioritizing content mobilization in the GBIF network

 

Une colonie de fourmis tisserines (Oecophylla smaragdina). Photo par budak sous licence CC BY-NC 4.0.

Décrire et comprendre les biais taxonomiques et leurs causes sont des priorités indéniables. Les tentatives d'explication des biais taxonomiques incluent, en plus des raisons évidentes et intrinsèques (telles que les espèces dans des régions éloignées), des facteurs extrinsèques, tels que les sujets de recherche et les pressions sociétales.

Dans cette étude, les chercheurs mesurent l'impact relatif de la recherche taxonomique et des préférences sociétales sur le biais taxonomique dans les données accessibles via le GBIF, la plus grande base de données sur la biodiversité en libre accès au monde.

 

En prenant en compte plusieurs paramètres, ils ont cherché à évaluer le biais et la précision de 626 millions d'occurrences, soit un million d'espèces réparties en 24 classes taxonomiques. Leur étude montre que 94% des occurrences sont identifiées au moins au niveau de l'espèce, avec cepndant de grandes variations selon les taxons.

 

Ils ont ensuite comparé le nombre d'espèces présentant des occurrences avec la richesse spécifique connue pour chaque classe; les oiseaux et les insectes représentent respectivement les classes les plus sur- et sous-représentées, confirmant ainsi un biais déjà connu mais qui ne s'améliore pas avec l'augmentation du nombre de données.

Reliant ces résultats au nombre de résultats Web pour différentes espèces en tant que proxy pour les préférences sociétales, leur modèle a révélé plusieurs corrélations significatives montrant qu'une forte préférence sociétale est liée à un nombre élevé d'occurrences dans le GBIF. Ce n'était cependant pas le cas pour la recherche taxonomique (évaluée par le nombre de publications de recherche publiées), pour laquelle le modèle révélait moins de corrélations qui, dans certains cas, étaient même négatives. Par exemple, pour la classe des Agaricomycètes, un gros volume de publications de recherche était lié à un nombre plus faible d'occurrences dans le GBIF.

 

Cet article a été publié le 22 août 2017 sur le site de la revue scientifique Nature par :

  • Julien Troudet (doctorant affilié à l'UMR 7205 : Institut de systématique, évolution, biodiversité),
  • Philippe Grandcolas(délégé associé au GBIF France et directeur de l'UMR 7205),
  • Amandine Blin (responsable technique dans l'équipe du Plateau de Morphométrie - UMR 2700 OMSI),
  • Régine Vignes-Lebbe (coordinatrice scientifque à l'équipe du GBIF France et Enseignant chercheur à l'UMR 7205)
  • Frédéric Legendre (Enseignant chercheur à l'UMR 7205)

 

Pour consulter l'article en question (en anglais) : Taxonomic bias in biodiversity data and societal preferences

Vous pouvez également consulter l'analyse d'utilisation des données accessibles via le GBIF citées dans l'article ici (en anglais également).

Polyrhachis armata by budak via iNaturalist licensed under CC BY-NC 4.0.

Le Secrétariat du GBIF, situé à Copenhague, recherche des developpeur(e)s informatique spécialisé(e) en ingénierie logicielle pour travailler dans une petite équipe responsable des services backend et de tous les aspects liés à l'édition et l'exploration à grande échelle du GBIF.org.

Les postes à temps plein seront basés à Copenhague et les candidats sélectionnés devront vivre au Danemark. Une aide au déménagement international est disponible pour le personnel recruté sur le plan international.

A ce poste, vous participerez au cycle du développement logiciel des composants du GBIF.org et travaillerez en collaboration pour créer, déployer, exploiter et surveiller nos systèmes.

Les personnes intéressées par les postes sont priées de soumettre:

  • une lettre traitant de votre expérience et de vos qualifications pour le poste
  • votre curriculum vitae
  • votre nom d'utilisateur GitHub

 

Les candidatures pour les postes doivent être soumises en anglais par mail avant le samedi 7 octobre 2017. Veuillez indiquer dans la demande où vous avez vu cette annonce.

Adressez vos questions concernant les postes à Federico Méndez Hernández, développeur principal de logiciels, et ceux concernant des problèmes de Ressources Humaines à Susanne Sheldon, responsable des ressources humaines.

 

 

L'annonce officielle se trouve sur cette page (en anglais).

La description complète du poste peut se trouver ici (en anglais)

"Brood" par Sloan Poe via Flickr. Photo sous licence CC BY-NC-ND 2.0

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