Le GBIF poursuit son partenariat avec FinBIF et Pensoft pour soutenir la publication de nouveaux ensembles de données sur les organismes dont les cycles de vie dépendent du sol
Date limite : 22 septembre 2023

En collaboration avec le Finnish Biodiversity Information Facility (FinBIF) et Pensoft Publishers, le GBIF a annoncé un nouvel appel aux auteurs pour qu'ils soumettent et publient des data papers sur la biodiversité des sols dans une collection spéciale du Biodiversity Data Journal (BDJ). L'appel s'appuie sur les efforts fructueux des partenaires pour mobiliser des données en 2020-2022.

Jusqu'au 22 septembre 2023, Pensoft renoncera aux frais de traitement d'article (normalement 650 €) pour les 40 premiers manuscrits de data papers acceptés qui répondent aux critères suivants pour décrire un jeu de données :

• avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org en 2023
• avec des données et des métadonnées de haute qualité
• avec une couverture des espèces/taxons présents dans le sol à au moins une étape de leur cycle de vie.

Voir la définition complète de ces termes ci-dessous.

Instructions détaillées

Les auteurs doivent préparer le manuscrit en anglais et le soumettre conformément aux instructions de BDJ aux auteurs avant le 22 septembre 2023. Les soumissions tardives ne seront pas éligibles aux dérogations APC.

Le parrainage est limité aux 40 premières soumissions acceptées répondant à ces critères selon le principe du premier arrivé, premier servi. L'appel à candidatures peut donc se clôturer avant la date limite du 22 septembre 2023. Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, mais la division artificielle des données logiquement uniformes et des récits de données, ou « publication salami », n'est pas autorisée.

BDJ publiera un numéro spécial comprenant les articles sélectionnés. La revue est indexée par Web of Science (Impact Factor 1.54) et Scopus (CiteScore : 1.8).

Pour les locuteurs non natifs, veuillez vous assurer que votre anglais est vérifié soit par des locuteurs natifs, soit par des éditeurs professionnels de langue anglaise avant la soumission. Vous pouvez créditer ces personnes en tant que « Contributeur » via l'interface ARPHA Writing Tool (AWT). Les contributeurs ne sont pas répertoriés comme co-auteurs mais peuvent vous aider à améliorer vos manuscrits.

En plus de l'instruction BDJ aux auteurs, les data papers doivent faire référence au jeu de données en :
a) citant le DOI du jeu de données
b) apparaissant dans la liste de références de l'article
c) en incluant "Soil Biodiversity 2023" dans le Project Data: Title et "Soil-2023" dans Project Data: Identifier dans les métadonnées du jeu de données.

Les auteurs doivent explorer la section GBIF.org sur les data papers et les stratégies et directives pour la publication scientifique de données sur la biodiversité. Les manuscrits et les jeux de données seront soumis à un processus standard d'examen par les pairs. Lors de la soumission d'un manuscrit à BDJ, les auteurs sont priés d'assigner à leur manuscrit Topical Collection: Soil biodiversity à l'étape 3 du processus de soumission. Pour lancer la soumission du manuscrit, n'oubliez pas d'appuyer sur le bouton Submit to the journal.

Pour voir un exemple, consultez ce jeu de données sur GBIF.org et le data paper correspondant publié par le BDJ.

Les questions peuvent être adressées soit à Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF, soit à Yasen Mutafchiev, rédacteur en chef du BDJ.

Ce projet s'inscrit dans la continuité des data papers réussis en 2020-2022. Les articles sponsorisés seront disponibles dans une collection spéciale du BDJ, et les jeux de données correspondants seront affichés sur la page du projet sur GBIF.org.

Définition des termes

Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org

Les jeux de données doivent contenir au minimum 5 000 enregistrements de présence nouveaux sur GBIF.org. Bien que l'accent soit mis sur les enregistrements supplémentaires sur la biodiversité des sols, les enregistrements déjà publiés dans GBIF peuvent répondre aux critères de "nouveaux" s'ils sont substantiellement améliorés, notamment par l'ajout de lieux géoréférencés. La réduction artificielle d'enregistrements provenant de jeux de données par ailleurs uniformes au minimum nécessaire ("publication salami") est déconseillée et peut entraîner le rejet du manuscrit. Les nouvelles soumissions décrivant des mises à jour de jeux de données déjà présentées dans des documents de données publiés antérieurement ne seront pas parrainées. La justification de la publication de jeux de données comportant moins d'enregistrements (par exemple, des jeux de données d'échantillonnage, des données basées sur des séquences, des listes de contrôle avec des espèces endémiques, etc.

De nombreuses recherches sur la biodiversité des sols sont menées à l'aide de méthodes d'ADN environnemental (eDNA) et de métabarcodage, et nous accueillons les soumissions non seulement basées non seulement sur la morphologie, mais aussi sur les détections et les identifications basées sur l'ADN. Les jeux de données basés sur le métabarcodage eDNA contiennent généralement des millions de lectures de séquences, chaque enregistrement de présence étant souvent représenté par des milliers de lectures. Par conséquent, un jeu de données avec plus de 5 000 lectures de séquences ne rend pas un data paper éligible au parrainage, mais un data paper basé sur un jeu de données avec plus de 5 000 occurrences de présence uniques sur un certain nombre d'échantillons peut être éligible. Dans de telles études, le nombre d'espèces (OTU/ASV), le nombre d'échantillons, le nombre d'événements d'échantillonnage peuvent varier considérablement, et la conception de votre étude dicte la meilleure façon de capturer ces spécificités.

Dans le même temps, comme mentionné ci-dessus, les auteurs sont censés publier cela dans leur forme la plus complète, avec autant d'échantillons et d'espèces/taxons de la même étude que possible. Notez que si les jeux de données dérivés de l'ADN basés uniquement sur la qPCR (sans séquençage) sont également éligibles, les auteurs sont encouragés à publier les enregistrements de présence et d'absence dans les jeux de données qPCR. Dans de tels cas, seul le nombre de présences sera pris en compte pour l'éligibilité au parrainage, et le même principe s'applique à tous les jeux de données d'événements d'échantillonnage.
Pour plus de détails sur la préparation des données, voir le guide Publication de données dérivées de l'ADN via des plateformes de données sur la biodiversité.

Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité

Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données composé de données et de métadonnées qui répondent aux exigences de qualité des données énoncées par le GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit. BDJ effectuera son audit de données standard et son examen technique. Tous les jeux de données doivent réussir l'audit des données avant qu'un manuscrit ne soit transmis pour examen par les pairs.

Ce n'est que lorsque le jeu de données est préparé que les auteurs doivent alors se tourner vers le travail sur le texte du manuscrit. Les métadonnées étendues que vous entrez dans l'IPT lors de la description de votre jeu de données peuvent être converties en manuscrit d'un simple clic sur un bouton dans l'AWT (voir également Creation and Publication of Data Papers from Ecological Metadata Language (EML) Metadata. Les auteurs peuvent ensuite compléter, éditer et soumettre les manuscrits au BDJ pour examen.

Jeux de données couvrant la biodiversité des sols

Conformément aux priorités de financement de cet appel, au moins 80 % des enregistrements d'un jeu de données doivent contenir des enregistrements sur la biodiversité des sols. Ces espèces/taxons sont généralement définis comme passant au moins une étape de leur cycle de vie dans le sol. D'autres associations avec le sol (telles que des liens trophiques, un abri temporaire au lieu d'un habitat permanent) seront examinées par les éditeurs de traitement au cas par cas.

Le collembole Dicyrtomina ornata observé en France. Photo 2022 Alexis Lours via iNaturalist Research-grade Observations sous licence >CC BY 4.0

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