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A l'initiative de la plateforme Ideas for Development (iD4D) de l'Agence Française pour le Développement, une tribune a été rédigée par l'AFD, Biotope et le GBIF afin d'inciter à un meilleur partage des données de biodiversité et de mettre en lumière le rôle joué par les banques de développement.
La première partie de cette tribune, accessible ici, met en avant l'importance cruciale du partage des données de biodiversité pour améliorer les connaissances et les politiques publiques ; il reste notamment des lacunes importantes à combler dans la zone intertropicale, qui détiennent pourtant la plus grande part de la biodiversité mondiale.
Quatre projets ont été confirmés pour un financement dans le cadre du GBIF 2020 Programme de soutien au renforcement des capacités (CESP), visant à renforcer le réseau mondial par une collaboration et un engagement plus larges.
Le comité de sélection a approuvé ces projets à partir d'un ensemble de 19 soumissions, ce qui en fait l'un des cycles annuels les plus compétitifs des sept années d'existence du CESP. Le programme annuel prévoit un cofinancement sur le budget de base du GBIF pour soutenir les collaborations entre les nœuds impliquant des activités de renforcement des capacités par le biais du mentorat, d'événements régionaux et d'ateliers de formation, ainsi que de la documentation partagée.
Les quatre projets confirmés impliquent collectivement des institutions de 17 pays participants tout :
Les détails d'une nouvelle attribution de fonds dans le cadre du programme 2020 sont encore en cours de finalisation.
Le secrétariat du GBIF a lancé un nouveau groupe d'experts chargé d'aider à améliorer la découverte, l'accès et l'utilisation des données de biodiversité liées aux maladies humaines.
Le groupe de travail sur la mobilisation et l'utilisation des données sur la biodiversité pour la recherche et la politique sur les maladies humaines fait partie d'un effort continu pour améliorer l'exhaustivité, la pertinence et l'aptitude à l'utilisation des données sur la biodiversité partagées par le réseau GBIF. Le Secrétariat a défini la portée du groupe en réponse à une gamme croissante d'études qui s'appuient sur des données d'occurrence d'hôtes, de vecteurs et de réservoirs sauvages de maladies humaines.
Toutefois, le mandat du groupe, qui cherche à s'appuyer sur les exemples précédents qui montrent comment les chercheurs peuvent utiliser les données sur la présence des espèces pour évaluer les risques et prévoir les points chauds potentiels de flambées de maladies zoonotiques et à transmission vectorielle, a pris une importance accrue à la lumière de la pandémie actuelle.
Le groupe de travail commencera par examiner les sources de données pertinentes pour la recherche sur les maladies zoonotiques et à transmission vectorielle. En publiant des rapports présentant des lignes directrices et des recommandations pratiques sur des cycles de six mois, le groupe espère établir un cadre réactif et efficace pour mener d'autres campagnes ciblées.
La composition du groupe de travail reflète un éventail d'intérêts politiques et d'approches de recherche au niveau mondial. La composition du groupe à composition non limitée est susceptible d'évoluer au fur et à mesure qu'il présente ses rapports. Marianne Sinka du Oxford Long-Term Ecology Lab sera la première présidente du groupe, tandis que Dmitry Schigel, responsable scientifique du GBIF, coordonnera ses efforts et ses rapports au conseil d'administration du GBIF.
L’équipe internationale dirigée par Ian Ondo du Royal Botanic Gardens de Kew, développe une plateforme qui améliore la visualisation, tient compte des biais de données et familiarise les utilisateurs avec les bonnes pratiques en matière de modélisation de distribution d'espèces.
Une équipe internationale menée par Ian Ondo, assistant de recherche au Royal Botanic Gardens de Kew, a remporté le premier prix du GBIF Ebbe Nielsen Challenge 2020. Leur projet gagnant, ShinyBIOMOD, est une interface conviviale open source qui étend les fonctionnalités de biomod2, une plateforme reconnue de modélisation de distribution d'espèces.
Ian Ondo a développé ShinyBIOMOD avec Alexandre Antonelli, directeur scientifique du RBG Kew (ainsi que du Gothenburg Global Biodiversity Centre en Suède) et Samuel Pironon, travaillant aux côtés de Wilfried Thuiller et Maya Gueguen du Laboratoire d’Ecologie Alpine, une unité mixte de recherche du CNRS, de l'Université Grenoble-Alpes.
Leur boîte à outils basée sur R vise à aider les utilisateurs de tous niveaux à construire des modèles de distribution d'espèces (SDM) et des modèles de niche écologique (ENM), en leur fournissant des options étape par étape pour explorer, sélectionner et prévisualiser des données supplémentaires tout au long du processus de modélisation.
Les SDMs et ENMs sont des outils qui permettent aux biogéographes et aux biologistes de la conservation de prédire la distribution potentielle des espèces dans l'espace et le temps. Bien qu'ils soient devenus essentiels à la recherche, à la fois pour comprendre les facteurs qui sous-tendent les changements de répartition spatiale et pour détecter les variations dans les aires de répartition des espèces, en particulier dans le contexte des changements environnementaux globaux, l'élaboration de tels modèles est un processus complexe.
« Les processus de création et d'interprétation des SDMs nécessitent une série d'étapes potentiellement sujettes aux erreurs, des compétences pointues en manipulation de données et une compréhension raisonnable des statistiques, ce qui les rend très difficiles à produire pour les non experts en SIG, déclare Ian Ondo. ShinyBIOMOD permet aux chercheurs ou gestionnaires d'avoir accès à une gamme complète d'outils statistiques qui examinent les relations entre les espèces et leur environnement tout en acquérant une compréhension des bonnes pratiques et de l'incertitude derrière les prévisions modélisées ».
Le jury d'experts a sélectionné cinq autres lauréats du Challenge, le prix incitatif annuel qui honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant dans les domaines de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité et l'un des principaux fondateurs du GBIF.
Vaughn Shirey, doctorant à la Georgetown University à Washington, D.C., est l'un des deux lauréats du prix GBIF 2020 Bourses pour jeunes chercheurs.
Un jury d'experts a récompensé Shirey, qui a été nommé par la délégation américaine du GBIF, pour les efforts qu'il a déployés afin de remédier au biais des données tout en modélisant les impacts à long terme du changement climatique et de l'utilisation des terres sur une famille bien connue d'organismes dans des régions mal échantillonnées : les papillons (Papilionidea) qui vivent dans les forêts boréales d'Amérique du Nord et d'Europe du Nord.
Les disparités dans la disponibilité des données sur la biodiversité dans l'espace et le temps posent des défis pour la modélisation, la mesure et l'atténuation de menaces telles que le climat et le changement d'affectation des terres. Les forêts boréales du monde étant désormais confrontées à un réchauffement rapide et à une conversion généralisée des terres, la rareté des données provenant de ces environnements de haute latitude ne fait qu'accroître la difficulté et l'urgence de ces défis.
En combinant les données sur les papillons disponibles par le biais du GBIF avec les données sur les caractéristiques extraites de la littérature, les recherches de Shirey examinent une famille d'organismes particulièrement sensibles au changement mondial et fournissent un modèle pour l'utilisation de données présentant des lacunes et des biais connus afin d'analyser les zones de conservation hautement prioritaires. Les résultats synthétisent une étude à grande échelle des tendances de la richesse et de la composition des papillons dans les forêts boréales nord-américaines et européennes entre 1940 et 2019.
« Les données fournies par le GBIF servent ici de base pour faire des déductions sur les communautés de papillons à une époque de changement mondial », a déclaré Shirey. « La technique de "pseudo-échantillonnage" que j'applique, en plus de la prise en compte des comportements des observateurs, peut aider à développer les meilleures pratiques pour l'utilisation d'enregistrements d'occurrences rares et opportunistes pour comprendre la dynamique de la biodiversité. »
« Vaughn est un penseur extrêmement créatif et indépendant qui a tracé sa propre voie depuis son arrivée dans notre laboratoire, ce prix est donc vraiment bien mérité, » a déclaré Leslie Ries, professeur associé de biologie à l'université de Georgetown. « Avec sa combinaison de compétences en sciences des données, sa passion pour le service envers la communauté et son engagement dans le travail de terrain en haute latitude dans une écorégion vaste et difficile sur le plan logistique, Vaughn a toutes les qualités d'un leader pour la prochaine génération d'écologistes. »
« J'ai eu l'occasion de superviser et de travailler avec Vaughn pendant son séjour à Helsinki dans le cadre d'une bourse Fullbright », a déclaré Pedro Cardoso, conservateur des arachnides, des mille-pattes et des mollusques terrestres à Luomus, le Musée finlandais d'histoire naturelle. « Ils avaient déjà un certain nombre d'idées sur la meilleure façon d'utiliser les données du GBIF et de surmonter ses limites, et je n'ai jamais cessé d'être impressionné par sa capacité de travail. Voir Vaughn aller aussi loin et aussi vite n'est pas vraiment une surprise, mais cela me rend quand même très heureux de voir son travail reconnu par une récompense aussi importante ».
« Je suis à la fois impressionné par le dossier de Vaughn et par son potentiel d'approches transformationnelles de l'utilisation des données du GBIF," ; a déclaré Rob Guralnick, conservateur de la biodiversité de l'informatique au Musée d'histoire naturelle de Floride et University of Florida Research Foundation Professor. "Vaughn s'est déjà imposé comme un leader de la prochaine génération dans le domaine de l'informatique de l'écologie et de la biodiversité, notamment en raison de l'accent mis sur l'intégration des approches d'apprentissage automatique dans la synthèse des connaissances et le travail scientifique des citoyens. »
Shirey est le deuxième ressortissant américain à remporter ce prix, après Kate Ingenloff (2018), le premier de Georgetown, et le troisième nommé par les États Unis au GBIF, après Ingenloff et Andrés Lira-Noriega, un chercheur mexicain étudiant alors aux États-Unis, qui a reçu un prix en 2010, l'année d'inauguration du prix.
Shirey partage le prix avec Angel Luis Robles du Mexique. Ils recevront tous deux un prix de 5 000 euros et une reconnaissance lors de la prochaine réunion du conseil d'administration du GBIF.
Angel Luis Robles Fernández, étudiant en master de physique à l'Université Veracruzana à Xalapa, au Mexique, a été nommé l'un des deux lauréats du GBIF 2020 Bourses pour jeunes chercheurs.
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Un jury d'experts a reconnu Robles, qui a été nommé par la délégation mexicaine du GBIF, pour son application innovante sur les données de présence des espèces en aidant à prévoir l'émergence de nouveaux assemblages hôtes-parasites susceptibles de créer des risques pour la santé publique des communautés humaines.
Les chercheurs manquent généralement de connaissances approfondies sur les interactions existant entre les espèces hôtes et leurs agents pathogènes, ce qui limite leur capacité à prévoir de nouveaux appariements qui pourraient mettre en danger des vies humaines ou des moyens de subsistance. En s'appuyant sur des recherches récentes qui montrent l'importance de la phylogénie (ou de la relation évolutive) pour expliquer la variation du nombre de parasites que les espèces hôtes hébergent, M. Robles veut construire une base de données combinant des informations géographiques, phylogénétiques et environnementales sur les paires d'espèces dans quatre assemblages hôtes-pathogènes bien connus :
La combinaison des informations géographiques dérivées du GBIF, des données phylogénétiques de vertlife et des données environnementales de WorldClim permet d'obtenir un grand ensemble de données pour explorer les modèles d'interactions entre des milliers de paires d'espèces hôtes et pathogènes. M. Robles espère que les analyses générées par l'utilisation d'une série d'outils statistiques, d'apprentissage automatique et d'intelligence artificielle pourront quantifier la probabilité que les agents pathogènes trouvent de nouveaux hôtes et fournir des scénarios géographiquement explicites de la sensibilité des hôtes.
« En tant que physicien, mon intérêt dans ce domaine réside dans l'élaboration de modèles théoriques qui expliquent les distorsions statistiques des incidences entre hôtes et agents pathogènes,» a déclaré Robles. « En plus de fournir un autre exemple d'application réussie de méthodes issues de la physique à l'étude des systèmes écologiques, mon étude pourrait fournir des hypothèses pour de futures recherches théoriques et de terrain ou même aider à éclairer la prise de décision dans des domaines scientifiques et politiques pertinents, tels que la gestion des espèces envahissantes et la santé publique. »
« Travailler avec Ángel a été une expérience passionnante dans la recherche de modèles et d'idées connexes qui pourraient générer de véritables recherches et de nouvelles idées pour comprendre la nature, » a déclaré Andrés Lira-Noriega, chercheur à l'Instituto del Ecologia (INECOL) à Xalapa, qui a lui-même remporté un Prix des jeunes chercheurs sa première année. « Je suis heureux de voir qu'il a trouvé l'occasion d'utiliser ses connaissances en physique et ses compétences en programmation dans le problème fascinant et stimulant de la combinaison des dimensions de la biodiversité, dont nous discutons depuis 2016, lorsque nous nous sommes rencontrés pour la première fois, lui en tant que premier cycle universitaire et moi en tant que chercheur nouvellement arrivé à l'INECOL. »
Lira-Noriega a ajouté, « Cette subvention signifie beaucoup à la fois pour Ángel et pour toute la communauté : elle reflète le grand avantage de travailler dans un cadre multidisciplinaire dans un monde qui recherche des données actualisées et librement disponibles pour surveiller la biodiversité, tout en renforçant également l'idée d'insister sur l'examen des idées sous différents angles. »
« Avoir accès à de grands volumes de données permet de tester des hypothèses sur des questions majeures comme le démontre la pandémie actuelle," ; a déclaré Patricia Koleff de CONABIO et chef de la délégation du GBIF au Mexique. "La participation de jeunes étudiants de diverses disciplines est essentielle, et je suis sûre que cette reconnaissance motivera Angel Luis à poursuivre ce type d'études. »
Robles est le cinquième ressortissant mexicain à remporter ce prix, après Juan Manuel Escamilla Mólgora (2016), Emma Gomez-Ruiz (2013), César Antonio Ríos-Muñoz (2011) et Andrés Lira-Noriega (2010). Il est également le troisième étudiant à gagner alors qu'il fréquente une université mexicaine, précédé par Gonzalo Enrique Pinilla Buitrago (2015) et Ríos-Muñoz.
Robles partage le prix avec Vaughn Shirey, un candidat de doctorat aux États-Unis. Ils recevront tous deux un prix de 5 000 euros et une reconnaissance lors de la prochaine réunion du conseil d'administration du GBIF.
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