Le système GBIF Alert construit en Belgique remporte le Défi Ebbe Nielsen 2023

Jeudi 26 Décembre 2024

Le système GBIF Alert construit en Belgique remporte le Défi Ebbe Nielsen 2023

Publié le : 25/10/2023

Le système de notification des occurrences d'espèces ouvre la voie, avec des améliorations Frictionless Data vers Bionomia gagnant la deuxième place et la troisième place partagées par Library Identification Resources et Open Data Biodiversity Mapper

GBIF Alert, un système open-source flexible pour informer les utilisateurs de la disponibilité d'enregistrements de nouvelles occurrences via GBIF, a gagné la sélection en tant que premier lauréat du Défit GBIF Ebbe Nielsen 2023.

Les membres de l'équipe belge responsable de GBIF Alert, dirigée par Nicolas Noé de The Binary Forest, ne sont pas étrangers à la communauté GBIF ou au podium des vainqueurs du Défi. Noé faisait partie d'une équipe à trois personnes qui a gagné le prix inaugural du Défi en 2015 avec Peter Desmet de l' Institut de recherchepour la nature et la forêt (INBO), qui l'a rejoint à nouveau ici. Lien Reyserhove et Damiano Oldoni d'INBO ont également collaboré avec Desmet sur leur entrée commune en première place en 2018. Les collègues d’INBO Tim Adriaens et Bram D’Hondt complètent les membres de l’équipe gagnante de cette année.

Frictionless Data from Bionomia, soumis par David Shorthouse, a remporté le deuxième prix pour une nouvelle fonctionnalité d'exportation qui prend en charge l'amélioration continue de la qualité des données pour les enregistrements de spécimens issus de collections scientifiques. Deux candidatures qui se partageront la troisième place complètent la liste des gagnants de 2023 :

Library of Identification Resources développé par Lars Willighagen des Pays-Bas
Open Data Biodiversity Mapper créé par une équipe de trois personnes de l'Université norvégienne des sciences et technologies (NTNU) dirigée par Sam Perrin

Le jury, présidé par Birgitte Gemeinholzer, professeur de botanique à l'Université de Kassel et actuelle présidente du Comité scientifique du GBIF, a sélectionné les gagnants du Challenge de cette année parmi un groupe de 12 candidatures qualifiées. Ce prix incitatif annuel honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un entomologiste dano-australien qui fut l'un des principaux fondateurs du GBIF et un leader inspirant dans la communauté de la biosystématique et de l'informatique de la biodiversité.

Les allocations de la cagnotte annuelle de 20 000 € permettent d'attribuer 8 000 € à l'équipe à la première place, 6 000 € pour la deuxième place et 3 000 € pour chacune des équipes gagnantes à la troisième place.

Gagnants du GBIF Ebbe Nielsen Challenge 2023

Premier prix
GBIF Alert : un système d'alerte open source pour les occurrences basé sur le GBIF

Cet outil open source réutilisable montre comment utiliser GBIF.org comme système pour informer les utilisateurs des enregistrements d'occurrence nouvellement disponibles pour toute espèce ou lieu d'intérêt. Bien qu'il puisse être déployé et configuré pour générer des alertes pour toute combinaison de taxons, de zones ou d'ensembles de données sources spécifiques, le cas d'utilisation le plus probable du système se concentre sur la gestion des espèces exotiques envahissantes (EEE).

Les gestionnaires de terrain et les décideurs politiques chargés de surveiller la propagation des EEE ont besoin d'un accès rapide aux informations sur l'apparition de nouvelles occurrences d'espèces préoccupantes, que ce soit dans des zones d'introduction connues ou dans de nouvelles zones. GBIF Alert peut les tenir informés des nouveaux enregistrements (ou nouveaux pour le GBIF) de leurs espèces d'intérêt, déclenchant l'envoi de notifications à une adresse courriel sélectionnée via une interface utilisateur simple et intuitive. La démo soumise pour le défi est configurée pour surveiller l'index d'occurrence du GBIF pour les nouveaux enregistrements d'espèces envahissantes en Amérique du Nord.

« GBIF Alert est né directement de l'expérience du développement de Life RIPARIAS, un système d'alerte précoce open source basé sur le GBIF ciblant certaines plantes riveraines et les écrevisses envahissantes dans certaines régions de Belgique. Une fois que nous avons réalisé qu’une configuration plus flexible et moins codée en dur la rendrait utile à de nombreuses autres équipes à travers le monde, il nous a semblé mal de la garder pour nous et nous avons donc poussé notre effort un peu plus loin. » dit Noé. « Notre bonheur et notre surprise d'avoir remporté le premier prix nous ont donné l'impulsion nécessaire pour investir dans d'autres outils en informatique sur la biodiversité dans le même esprit open source, et nous aimerions voir la fonctionnalité de GBIF Alert intégrée directement dans GBIF.org. »

vidéo | GitHub | Démo GBIF Alert pour les espèces invasives aux États-Unis

Nicolas Noé
The Binary Forest, Belgique
Peter Desmet
Research Institute for Nature and Forest (INBO), Belgique
Tim Adriaens
INBO, Belgique
Bram D’Hondt
INBO, Belgique
Lien Reyserhove
INBO, Belgique
Damiano Oldoni
INBO, Belgique

Deuxième prix
Frictionless Data from Bionomia

Cette participation préparée par l'informaticien canadien de la biodiversité David Shorthouse est la seule gagnante du deuxième prix du Défi 2023. Bionomie, la plate-forme qu'il a publiée pour la première fois il y a cinq ans, tire parti des identifiants persistants d'ORCID et de Wikidata pour permettre aux « scribes » volontaires d'annoter les enregistrements de spécimens partagés sur le GBIF.org, clarifiant les crédits qu'ils donnent aux collecteurs de spécimens individuels et aux identifiants. Au cours du processus, cela a suscité des discussions plus larges sur une meilleure reconnaissance et récompense de l'expertise nécessaire à l'assemblage, la maintenance, la numérisation et la conservation des connaissances sur les collections scientifiques du monde.

La participation au Défi 2023 de Shorthouse a décrit une nouvelle fonctionnalité qui prépare automatiquement lesFrictionless Data Packages de collecteurs et d'attributions d'identifiants dans Bionomia pour chaque jeu de données. En s'appuyant sur cette simplicité d'un format pratique cela permet à un gestionnaire de collections d'importer plus facilement des attributions Bionomia dans un système de gestion de collections local et de partager des enregistrements récemment mis à jour et améliorés, créant ainsi un cycle vertueux d'"aller-retour" d'améliorations de la qualité des données.

La sélection de Bionomia par le jury met en lumière la valeur de la création de nouvelles fonctionnalités dans les outils existants. En attendant, le gestrionnaires de données, qui améliorent actuellement la qualité des données de leurs collections avecnles attributions de Bionomia vont partager les pointeurs et les leçons apprises le 6 décembre 2023 lors d'un atelier en ligne en allez-retour, pour lequel les inscriptions sont à présent ouvertes.

"Ces nouveaux résultats aident à démontrer la valeur institutionnelle de Bionomia et offrent un retour sur investissements positif pour la numérisation et la transcription de spécimens, a dit Shorthouse. "Des identifiants uniques persistants pour les personnes peuvent sembler légers à hériter, mais ils servent de passeports à la provenance, des microhistoires et des fils émotifs qui relient les personnes qui ont jeté les bases de nos collections d'histoire naturelle à leurs réseaux de soutien. ce qu'ils ont collecté, où ils étaient, et notre planète partagée. J'espère que toutes les collections qui partagent des données sur le GBIF pourront utiliser le service aller-retour de Bionomia pour aider à renforcer leurs propres réseaux locaux. »

vidéo | GitHub

Troisième prix
Bibliothèque des ressources d'identification

Cette plateforme Web développée par le biologiste et programmeur Lars Willighagen combine deux services Web qui guident les scientifiques amateurs vers des clés taxonomiques appropriées pour les aider à identifier les organismes qu'ils observent eux-mêmes. Willighagen est actuellement inscrit en tant qu'étudiant en maîtrise à l'Institut Radboud pour les sciences biologiques et environnementales (RIBES) de l'Université Radboud à Nimègue, aux Pays-Bas.

Un catalogue de références taxonomiques du domaine public lisible par des machines allant des simples guides picturaux aux publications en série complètes fournit le premier service sous-jacent. Ce référentiel bibliographique contient des métadonnées sur les ouvrages de référence et des informations sur leur portée et leur exhaustivité taxonomique et géographique. Dans la mesure du possible, la liste complète des noms apparaissant dans les œuvres est extraite et mappée à l'ossature taxonomique du GBIF à l’aide de l’API GBIF.

Les utilisateurs utilisent le deuxième service plus visible en entrant l'emplacement et le nom scientifique d'une observation qui a besoin d'être identifiée. Les résultats de la recherche renvoient des publications de référence potentiellement pertinentes dans le catalogue et des estimations de leur utilité dans la vérification de l'identification de l'observation. Les estimations d'admissibilité reposent sur l'API GBIF pour établir une liste de contrôle de toutes les espèces trouvées à l'emplacement de la recherche géographique, qui peuvent être comparées aux listes de taxons des publications. L'utilisation des données disponibles tient compte des changements dans la répartition des espèces au fil du temps, étant donné que les clés plus anciennes centrées sur des taxons spécifiques provenant des régions cibles peuvent devenir inadaptées tandis que d'autres se limitant à différentes régions sont devenues appropriées.

vidéo | Trouver des ressources d'identification | Catalogue | GitHub : Recherche de ressources | GitHub : Catalogue

Troisième prix
Open Data Biodiversity Mapper

Le prototype basé sur R Shiny webapp construit par Sam Perrin, Philip Stanley Mostert et Ron Togunov de NTNU exécute un flux de données open-source qui prétraite différents types de jeux de données, permettant aux utilisateurs de produire plus facilement des modèles intégrés de distribution d'espèces (MIS).

Cette approche reconnaît que, malgré les avantages de la standardisation, les observations opportunistes de la part de scientifiques citoyens, par exemple, diffèrent considérablement des enregistrements recueillis en utilisant un protocole complexe pour l'échantillonnage de l'abondance. En préservant certaines des poiints forts et caractéristiques uniques des méthodes contrastantes de collecte dans les jeux de données sous-jacents et en les intégrant dans un seul cadre statistique – plutôt que de simplement regrouper les enregistrements et aplanir leurs différences – le Mapper Open Data Biodiversity améliore les visualisations ISDM qui en résultent.

L'outil génère actuellement des cartes d'intensité des espèces pour quatre groupes taxinomiques différents dans le comté de Trøndelag en Norvège centrale, mais l'équipe met actuellement à l'échelle l'outil pour produire des cartes pour toute la Norvège. Bien qu'il soit prévu de rendre l'approche ISDM accessible aux groupes sans les compétences nécessaires à la lutte des données l'accès aux scripts et les instructions étape par étape pour les utiliser devraient permettre aux utilisateurs ayant une certaine connaissance de GitHub, GBIF et R pour créer des versions localisées de l'outil pour d'autres taxons cibles.

video | GitHub