TDR, GigaScience Press et GBIF renouvellent leur partenariat pour un numéro spécial de revue axé sur la publication de nouveaux ensembles de données présentant des données sur la biodiversité pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines.
Date limite : 30 juin 2023

TDR, le programme spécial de recherche et de formation sur les maladies tropicales hébergé à l'Organisation mondiale de la santé, GigaScience Press et GBIF ont annoncé un deuxième appel aux auteurs pour soumettre des articles de data papers sur les vecteurs de maladies humaines à inclure dans une série thématique publiée dans GigaByte Journal.

Cet appel s'appuie sur la première partie de la série, qui a mobilisé plus de 500 000 enregistrements d'occurrences et 675 000 événements d'échantillonnage dans plus de 50 pays.

Les maladies à transmission vectorielle représentent environ un quart de toutes les maladies infectieuses. Bien qu'il y ait eu des progrès significatifs pour le paludisme, avec une diminution récente des taux de morbidité et de mortalité dus au paludisme, ces progrès s'arrêtent actuellement. D'autres maladies, telles que celles causées par les arbovirus comme la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune et plus récemment le Zika, se développent, avec un nombre accru de cas et de décès.

La nécessité de développer de nouvelles stratégies, approches et outils de lutte antivectorielle a été reconnue dans le cadre de la Réponse mondiale à la lutte antivectorielle approuvée par l'Assemblée mondiale de la Santé en 2017.. L'un des objectifs mutuellement convenus entre le GBIF et le TDR est de travailler sur un référentiel de données relatives aux vecteurs et de soutenir la conception et l'identification des sources et des contacts pour les campagnes de mobilisation de données afin d'améliorer la couverture des données pour aider la recherche sur la santé humaine. Dans le cadre de cette collaboration, GigaByte soutiendra un second numéro sur les data papers sur les vecteurs.

Les data papers soumis doivent décrire les ensembles de données avec les critères suivants :

• Les données sont clairement pertinentes pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
• Les jeux de données contiennent plus de 5 000 enregistrements qui sont nouveaux sur GBIF.org en 2022-23, ainsi que des données et des métadonnées de haute qualité
• Les données sont dédiées au domaine public sous une désignation CC0 ouverte.

L'appel à manuscrits sera ouvert jusqu'au 30 juin 2023.

Les frais de traitement d'article seront supprimés pour 15 articles, à condition que les publications soient acceptées et répondent aux critères ci-dessus.

Instructions pour les auteurs

Nous recommandons aux auteurs de commencer par préparer le jeu de données et de le publier via GBIF.org avant de passer à la rédaction et à l'édition de manuscrits.

Le manuscrit doit être préparé en anglais et soumis conformément aux instructions de GigaByte aux auteurs.

Les auteurs peuvent contribuer à plus d'un manuscrit, et les publications de données peuvent soutenir et être publiées parallèlement aux publications d'analyse traditionnelles, mais le travail et la publication de données décrits doivent être autonomes et se justifier en ajoutant de la valeur.

GigaBytepubliera une deuxième phase de son numéro spécial comprenant les articles sélectionnés en 2023. La revue est actuellement indexée dans Pubmed, PubMed Central, le Directory of Open Access Journals (DOAJ), CNKI et JGate et est finaliste pour les ALPSP Awards 2022 pour l'innovation dans l'édition.

Les manuscrits et les ensembles de données seront soumis à un processus d'examen par les pairs ouvert et transparent, y compris l'audit et la conservation des données par l'équipe de données de GigaScience Press. Pour en savoir plus sur la publication de données, consultez le Guide rapide pour publier des data papers via GBIF.org, le Guide rapide pour publier des données via GBIF.org et les instructions de soumission GigaByte. Les articles de GigaByte Data Release ont un format simple et facile à écrire, aet les auteurs peuvent faire leurs soumissions en utilisant des fichiers Microsoft Word (DOC, DOCX), PDF et TeX/LaTeX (voir le modèle au verso .) Pour des exemples supplémentaires de ce que le produit final peut ressembler à voir aussi la première série d'articles.

La nouvelle plate-forme de publication XML de bout en bout de GigaByte signifie que la publication peut être effectuée de manière plus rapide et plus rentable, mieux conçue pour ces objets de recherche plus granulaires qui ne nécessitent pas un véhicule aussi laborieux et détaillé pour le partage. . Cela permet également une interactivité supplémentaire et nous pouvons travailler avec les auteurs pour intégrer des cartes, des plugins de données vidéo et d'imagerie et d'autres outils pertinents pour visualiser les données et les résultats dans les publications finales. Veuillez discuter avec les éditeurs si vous avez un contenu dynamique que vous souhaitez mettre en évidence.

Pour toute question, veuillez contacter Scott Edmunds, rédacteur en chef de la série thématique chez GigaByte, ou health@gbif.org.

Définition des termes

• Jeux de données pertinents pour la recherche sur les vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle
  Cet appel sponsorisé à data papers est axé sur la thématique des vecteurs de maladies humaines à transmission vectorielle. Les auteurs peuvent préparer des data papers décrivant des jeux de données, de listes de contrôle, d'occurrences ou d'échantillonnage ; cet article de blog aidera les auteurs à déterminer quelle classe de jeux de données est la plus appropriée. Les données sur les agents pathogènes (virus, bactéries et parasites) peuvent être publiées en tant qu'attributs des données vectorielles sur le champ associatedOccurrences dans les jeux de données d'occurrences et d'échantillonnage. Aucune donnée humaine ne peut être incluse dans les jeux de données. Voir des exemples de jeux de données de listes de contrôle, d'occurrences, et d'échantillonnages de jeux de données.
• Jeux de données avec plus de 5 000 enregistrements qui sont nouveaux sur GBIF.org
  Le seuil minimum de 5 000 enregistrements d'occurrences n'est qu'un nombre indicatif, et non l'objectif de publier un jeu de données qui est coupé pour être juste au-dessus de la limite à franchir. Les données doivent être nouvelles sur GBIF.org en 2022-23, fournissant des données et des métadonnées de haute qualité. Les jeux de données de la liste de contrôle et d'échantillonnage inférieurs au seuil seront considérés comme éligibles sur la base de leur valeur exceptionnelle et traités au cas par cas par l'éditeur. Unités minimales publiables, édition salami et les articles sur les versions de jeux de données sont déconseillés : les jeux de données doivent être publiés dans leur état d'origine, non rogné. De nombreux jeux de données sont, par nature, dynamiques, et tandis qu'un data papers promeut et décrit le jeu de données dans son état actuel au moment de la soumission, le lien du jeu de données peut et souvent se résoudra à la ressource en ligne en évolution. Par conséquent, un data papers devrait idéalement être rédigé de manière à servir de citation bibliographique, de vitrine et de « source » durable pour le jeu de données. Tous les jeux de données contenant des données de support supplémentaires non adaptées au GBIF seront conservés et hébergés dans le référentiel GigaScience Press GigaDB ou dans d'autres référentiels spécifiques à un domaine.
• Jeux de données avec des données et des métadonnées de haute qualité
  Les auteurs doivent commencer par publier un jeu de données comprenant des données et des métadonnées qui répondent auxs exigences de qualité des données du GBIF. Cet effort impliquera de travailler sur une installation du GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT). Si l'archive Darwin Core est construite ailleurs, l'utilisation du validateur de données GBIF est recommandée avant la publication des données.

Moustique domestique commun (Culex pipiens), observé en Suède. Photo © 2022 Carl A. Andersson via Artportalen

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