Life Science Identifiers (LSID)

LSID

Origine

• Spécification OMG (Corba, UML, ...)
• 2004
• Recommandation TDWG
• http://www.omg.org/spec/LIS/Current/
• http://www.tdwg.org/activities/guid/

LSID

La spécification répond aux besoins suivants:

• Indépendance du protocole
• Schéma standardisé
• Service de résolution
• Service d'attribution
• "Versioning"

Spécification

LSID-XMI-1.1.xml
            

LSIDAssigningPortType.wsdl  LSIDAssigningSOAPBinding.wsdl  LSIDAuthorityServiceHTTPBindings.wsdl  LSIDAuthorityServiceSOAPBindings.wsdl  LSIDDataServiceHTTPBindings.wsdl  LSIDDataServiceSOAPBindings.wsdl  LSIDPortTypes.wsdl  LSIDResolutionDiscoveryPortType.wsdl  LSIDResolutionDiscoverySOAPBinding.wsdl
            

LSID.java  LSIDMetadataService.java  LSIDAssigningService.java  LSIDResolutionDiscovery.java  LSIDAuthority.java  LSIDResolutionService.java  LSIDDataService.java  MetadataResponse.java  LSIDException.java
        

UML

LSID

Identifiants de ressources biologiques persistants et indépendants

Espace de nom URN (Uniform Resource Name)

LSID

URN ?

urn:NID:NSS où NID = Namespace identifier, NSS = Namespace specific string

Identifie une ressource par son nom dans un espace de noms

Exemple urn:isbn:0-395-36341-1

LSID

• Portée globale
• Unicité globale
• Persistant
• Evolutif
• Indépendance
• Compatibilité
• Extensible
• Resolution

LSID

URN:LSID:<autorité d'identification>:<espace de nom>:<identification de l'object>[:<version>]

LSID

Composants

urn:lsid

autorité d'identification: généralement un nom de domaine Internet

espace de nom: champ d'application de l'objet

identification de l'object: une séquence alphanumérique

version: une séquence alphanumérique (optionnel)

LSID

Exemples

urn:lsid:ncbi.nlm.nih.gov:pubmed:12571434

urn:lsid:ncbi.nlm.nig.gov:GenBank:T48601:2

urn:lsid:example.com:researchinstitute:ibmresearch

urn:lsid:ubio.org:namebank:11815

LSID

LSID Resolution Service

Permet d'accéder aux données/métadonnées à partir d'un LSID

1. Client LSID <- données/metadonnées ?
2. [LSID Resolution Discovery Service]
3. Requête vers le service -> points d'accès, protocole, ..
4. Données/métadonnées

LSID

LSID Resolution Discovery Service

Permet la découverte d'un "LSID Resolution Service"

LSID Assigning Service

Permet la génération d'un LSID à partir d'un ensemble de propriétés.

Facultatif ...

LSID

Important

Pour être compatible avec la spécification un ou plusieurs de ces services doivent être implémenter !

Une implémentation DOIT contenir un “LSID Resolution Service” OU un “LSID Resolution Discovery Service” OU un “LSID Assigning Service”, OU une n'importe laquelle des combinaisons.

fin (: